A pesar de la falta de documentación, esta iglesia ha sido considerada como la sede de un priorato benedictino.
El lugar de Prunarias aparece en un documento del 966 como perteneciente a Sant Pere de Camprodon (Ripollès). Se encuentra mencionado nuevo en 1017, también como una posesión de Camprodon, y aún más adelante, el 1334. A pesar de la escasez de noticias, parece que desde el siglo XIII era una pequeña celda monástica dependiente de Santa Maria del Coll de Panissars (Alt Empordà), situación que debió mantener hasta comienzos del siglo XVII. En 1617 la iglesia fue unida a la de Sant Llorenç de Oix. El edificio resultó dañado durante la guerra civil de 1936-39 y posteriormente se restauró.
Bibliografía:
- FERNÁNDEZ CUADRENCH, Jordi (1990). Santa Bàrbara de Pruneres (o de Prunera). Catalunya romànica. Vol. IV. La Garrotxa. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- GAVÍN, Josep M. (1978). Inventari d'esglésies. Vol. 4. Garrotxa, Ripollès. Gtxa. 64. Barcelona: Artestudi
- MONSALVATGE Y FOSSAS, Francesc (1908). Nomenclator histórico de las iglesias... Noticias históricas. Vol. XVI. Olot: J. Bonet
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- SALA I CANADELL, Ramon (1979). Santa Bàrbara de Pruneres. Olot: Caixa d'E. Provincial de Girona
- ZARAGOZA PASCUAL, Ernest (1997). Catàleg dels monestirs catalans. Barcelona: Pub. Abadia de Montserrat