Malgrat la manca de documentació, aquesta església ha estat considerada com la seu d’un priorat benedictí.
El lloc de Prunarias apareix en un document del 966 com a pertanyent a Sant Pere de Camprodon (Ripollès). Es troba esmentat altre cop el 1017, també com una possessió de Camprodon, i encara més endavant, el 1334. Malgrat l'escassetat de notícies, sembla que des del segle XIII era una petita cel·la monàstica depenent de Santa Maria del Coll de Panissars (Alt Empordà), situació que devia mantenir fins a començament del segle XVII. El 1617 l'església fou unida a la de Sant Llorenç d'Oix. L'edifici va resultar malmès durant la guerra civil de 1936-39 i posteriorment es va restaurar.
Bibliografia:
- FERNÁNDEZ CUADRENCH, Jordi (1990). Santa Bàrbara de Pruneres (o de Prunera). Catalunya romànica. Vol. IV. La Garrotxa. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- GAVÍN, Josep M. (1978). Inventari d'esglésies. Vol. 4. Garrotxa, Ripollès. Gtxa. 64. Barcelona: Artestudi
- MONSALVATGE Y FOSSAS, Francesc (1908). Nomenclator histórico de las iglesias... Noticias históricas. Vol. XVI. Olot: J. Bonet
- MONSALVATGE Y FOSSAS, Francesc (1910). Nomenclator histórico de las iglesias... Noticias históricas. Vol. XVIII. Olot: J. Bonet
- SALA I CANADELL, Ramon (1979). Santa Bàrbara de Pruneres. Olot: Caixa d'E. Provincial de Girona
- ZARAGOZA PASCUAL, Ernest (1997). Catàleg dels monestirs catalans. Barcelona: Pub. Abadia de Montserrat