Encomienda hospitalaria de Alguaire

El castillo de Alguaire se convirtió en ese momento, o quizás con anterioridad, en sede de una encomienda hospitalaria. En 1194 Ermengol VIII de Urgell confirmó la donación de los castillos de Pedrís (Noguera) y la Portella (al este de aquí) a la casa de Alguaire. En 1250 se registra un cambio importante cuando el señorío del lugar fue cedido a la encomienda femenina de Cervera, al frente de la cual estaba la comendadora Marquesa de Guàrdia, constituida en 1245 y que buscaba un lugar más apropiado para establecerse. Una bula de 1262 aprobó la fundación de la encomienda de Alguaire donde se trasladó la comunidad procedente de Cervera y el castillo quedó ocupado por las monjas hospitalarias. La capilla se dedicó a Sant Joan.

Bajo el castillo, en la entrada de la población, se encuentra todavía la capilla de la Mare de Déu de Merli, dependiente del monasterio de Alguaire y donde se venera la imagen de la Virgen de ese nombre. La iglesia se levantó quizás sobre un edificio anterior cuando llegaron las monjas a Alguaire. Una leyenda que algunos sitúan en la época de la priora Sibila de Castellvell (1310-29) dice que el conde Ermengol de Urgell mantuvo diferencias con la comunidad y éste determinó atacar Alguaire y el monasterio. La milagrosa intervención de la Virgen provocó la ceguera temporal del conde cuando se encontraba en el puente de Albesa, haciéndole retroceder y convirtiéndolo en protector de la casa.