La cel·la de Sant Miquel de la Cirera era una possessió del monestir de Sant Pere d’Albanyà, segons un diploma de Carles el Calb atorgat l’any 844 a l’abat Dòmnul en el que s’esmenta també la cel·la de Sant Romà de Casamor.
Quan Albanyà va esdevenir una possessió de Santa Maria d'Arles (l'any 869), Sant Miquel de la Cirera també hi va passar a dependre i és a partir d’aquest moment que hi figura amb la qualitat de cel·la monàstica, sense poder descartar que ja ho era anteriorment. Encara figura esmentada i vinculada a Arles l’any 1011 en una butlla de Sergi IV. Al segle XIII era una església parroquial, després sufragània de Sant Martí Sesserres.
Bibliografia:
- BADIA I HOMS, Joan (1985). L’arquitectura medieval de l’Empordà. Vol. II-A. Girona: Diputació de Girona
- BADIA I HOMS, Joan; CASES I LOSCOS, M. Lluïsa (1990). Catalunya romànica. Vol. IX. L’Empordà II. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- COSTA BADIA, Xavier (2019). Paisatges monàstics. El monacat alt-medieval als comtats catalans (segles IX-X). Tesi doctoral. Universitat de Barcelona
- GAVÍN, Josep M. (1983). Inventari d’esglésies. Vol. 13, Alt Empordà. Barcelona: Arxiu Gavín