Se trata de un convento de fundación antigua, ésta se efectuó gracias a la intervención de Jaime I, después de la conquista de Mallorca (1229) el monarca facilitó el espacio necesario a una primera comunidad formada por cinco frailes llegados de Roma. Este primer convento estaba situado en la calle de Sant Miquel, en el lado norte del centro histórico.
La primera piedra de la iglesia, dedicada a Les Llagues de Sant Francesc, se puso en 1232 seguramente aprovechando una antigua iglesia que había estado anteriormente en manos de los premonstratenses que se desplazaron a Bellpuig de Artà. Éste no fue el lugar del asentamiento definitivo de la casa, porque hacia el 1270-78 efectuaron una permuta con las monjas de Santa Margalida, por la que intercambiaron los monasterios, aquella operación supuso que las monjas dejaban su casa en la plaza del Mercat para ir a la calle de Sant Miquel y los framenores pasaban a disponer de la antigua casa de las monjas.
De todas formas, es posible que los franciscanos no la ocuparan nunca, en 1281 se ponía la primera piedra de la iglesia del convento actual con la presencia de Jaime II de Mallorca (1276-1311) cerca de la Almudaina de Gumara, en el sector oriental del casco antiguo. En 1276 se impulsaba la creación del colegio franciscano de Santa Trinitat de Miramar relacionado con la personalidad de Ramon Llull. En 1317 se abrió al culto la nueva iglesia, aunque las obras todavía se alargaron hasta años después y no se consagró hasta 1385. Este convento pertenecía inicialmente a la custodia de Barcelona (Provincia de Aragón) pero en 1385 ya se había creado la custodia de Mallorca, que incluía este convento y los de Sant Francesc de Inca y Sant Francesc de Ciutadella.
En 1567 este convento adoptó la reforma observante. En 1580 un rayo cayó en el edificio de la iglesia afectando a su fachada y al primer tramo de la nave. Se mantuvo activo hasta la exclaustración de 1835, cuando los frailes menores fueron expulsados y la casa dedicada a otras actividades, entre ellas la de prisión. En 1906 se recuperó su actividad religiosa con una comunidad del T.O.R. (Tercer Orden Regular de San Francisco) que mantiene un centro de enseñanza. Se conserva su bello claustro gótico y la iglesia, con su mobiliario, en el que destaca, entre otros, el sepulcro de Ramon Llull (s. XV) que se encuentra en la capilla de la Consolació.
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