Es tracta d’un convent de fundació antiga, aquesta es va efectuar gràcies a la intervenció de Jaume I, després de la conquesta de Mallorca (1229) el monarca va facilitar l’espai necessari a una primera comunitat formada per cinc frares arribats de Roma. Aquest primer convent estava situat al carrer de Sant Miquel, al costat nord del centre històric.
La primera pedra de l'església, dedicada a les Llagues de Sant Francesc, es va posar el 1232 segurament aprofitant una antiga església que havia estat anteriorment en mans dels premonstratencs que es van desplaçar a Bellpuig d’Artà. Aquest no fou el lloc de l'assentament definitiu de la casa, perquè cap al 1270-78 van efectuar una permuta amb les monges de Santa Margalida, de manera que van intercanviar els monestirs, aquella operació va suposar que les monges deixaven la seva casa a la plaça del Mercat per anar al carrer de Sant Miquel i els framenors passaven a disposar de l'antiga casa de les monges.
De totes maneres, és ben possible que els franciscans no l'ocupessin mai, el 1281 es posava la primera pedra de l'església del convent actual amb la presència de Jaume II de Mallorca (1276-1311) a prop de l'Almudaina de Gumara, al sector oriental del centre històric. El 1276 s'impulsava la creació del col·legi franciscà de Santa Trinitat de Miramar relacionat amb la personalitat de Ramon Llull. El 1317 es va obrir al culte la nova església, tot i que les obres encara es van allargar fins anys després i no es va consagrar fins al 1385. Aquest convent pertanyia inicialment a la custòdia de Barcelona (Província d'Aragó) però el 1385 ja s'havia creat la custòdia de Mallorca, que incloïa aquest convent i els de Sant Francesc d’Inca i Sant Francesc de Ciutadella.
El 1567 aquest convent va adoptar la reforma observant. El 1580 un llamp va tocar l'edifici de l'església afectant la seva façana i el primer tram de la nau. Es va mantenir actiu fins a l'exclaustració de 1835, quan els framenors foren expulsats i la casa dedicada a altres activitats, entre les quals la de presó. El 1906 es va recuperar l'activitat religiosa amb una comunitat del T.O.R. (Tercer Orde Regular de Sant Francesc) que hi manté un centre d'ensenyament. Es conserva el seu bell claustre gòtic i l'església, amb el seu mobiliari del qual hi destaca, entre altres, el sepulcre de Ramon Llull (s. XV) que es troba a la capella de la Consolació.
- DAMETO, Juan i altres (1840-41). Historia general del reino de Mallorca. Vols. 1-3. Palma: Imprenta Nacional
- GARÍ JAUME, Llorenç (1990). Iglesia y claustro de San Francisco. Memoria del beato fray Junípero Serra. Palma
- JOVELLANOS, Gaspar Melchor de (1840). Memoria sobre las fábricas de los conventos de Santo Domingo y San Francisco de Palma. Obras del excelentisimo señor Gaspar Melchor de Jovellanos. Barcelona: Oliva
- LLUÍS SALVADOR D'ÀUSTRIA (1897). Die Balearen. Geschildert in Wort und Bild. Vol. 1. Würzburg / Leipzig: Woerl
- MURRAY, Donald G.; PASCUAL, Aina; LLABRÉS, Jaume (1992). Conventos y monasterios de Mallorca. Historia, arte y cultura. Palma: Olañeta Ed.
- ORDINES JOAN, Joana Aina (2007). Les cròniques conventuals de l'església de Sant Francesc de Palma font documental del patrimoni històricoartístic. Bolletí de la Societat Arqueològica Lul·liana, núm. 63
- PIFERRER, Pablo (1842). Recuerdos y bellezas de España. Mallorca. Barcelona: J. Verdaguer
- PONS CORTÉS, Antonio; GONZÁLEZ, Luis (2009). La sillería gótica del convento de San Francisco de Palma. Historia, topografía y aspectos iconográficos. Boletín del Museo e Instituto Camón Aznar
- QUIROGA CONRADO, Mª Magdalena de (2013). Santa Margalida de Palma, de monasterio agustino a hospital militar. Siglos XIII-XX. Madrid: Ministerio de Defensa
- RICCI, Víctor (2013). Itinerari conventual pel centre històric de la part alta de Palma. Treball de grau. Universitat de les Illes Balears
- SACARÈS TABERNER, Miquela (2012). “Dispositor sum sanitatis”, el sepulcre de Ramon Llull. Locus Amoenus. Núm. 11. Universitat Autònoma de Barcelona
- SANAHUJA, Pedro (1959). Historia de la seráfica provincia de Cataluña. Barcelona: Ed. Seráfica