El origen del monasterio cisterciense de Santa María de Rioseco se encuentra en un antiguo cenobio de fundación privada existente desde el 1147, aproximadamente, muy cerca de este lugar. En 1204 los cistercienses del monasterio de Quintanajuar (Masa, Burgos), que eran propietarios del lugar desde el 1171, se trasladaron a la zona.

El centro monástico se desarrolló y adquirió otras propiedades, pero en 1216, una crecida del Ebro afectó el establecimiento, arruinándolo. Debido a esto, se decidió rehacerlo en un sitio más elevado, donde ahora se encuentran las ruinas, lugar que pasó a ocupar el 1236. De esta época es la iglesia gótica, en cambio el claustro es una construcción posterior (1637). Después de algunas exclaustraciones temporales a principios del siglo XIX, en 1835 la comunidad fue expulsada definitivamente. Después quedó abandonado y fue víctima del expolio, ahora se encuentra en ruinas, aunque los restos son todavía muy importantes y en proceso de restauración.