L’origen del monestir cistercenc de Santa María de Rioseco es troba en un antic cenobi de fundació privada existent des del 1147, aproximadament, molt a prop d’aquest lloc. El 1204 els cistercencs del monestir de Quintanajuar (Masa, Burgos), que eren propietaris del lloc des del 1171, s’hi van traslladar.

El centre monàstic es va desenvolupar i va adquirir altres propietats, però el 1216, una riuada de l’Ebre va negar l’establiment, arruïnant-lo. A causa d’això, hom va decidir refer-lo en un lloc més elevat, on encara es troben les ruïnes, lloc que van passar a ocupar el 1236. D’aquesta època és l’església gòtica, en canvi el claustre és una construcció posterior (1637). Després d’algunes exclaustracions temporals a començament del segle XIX, el 1835 la comunitat fou expulsada definitivament. Després va quedar abandonat i fou víctima de l’espoli, ara es troba en ruïnes, tot i que les restes encara són força importants, en procés de restauració.