Este monasterio se fundó en 1143 a iniciativa de Estefanía de Urgell († 1143), hija del conde Ermengol V y nieta del conde Pedro Ansúrez, se ha supuesto que, en un principio, era una casa benedictina, pero en 1151 pertenecía al Císter y llegaron monjes de esta orden procedentes del monasterio de Berdoues (Gers) y Valbuena quedó como filial de aquella abadía gascona.
Gracias a la protección y, sobre todo, a las donaciones que recibió de las coronas de Castilla, León (Alfonso VII, Sancho III y Alfonso VIII) y del papado, este establecimiento logró una notable prosperidad y acumuló un importante patrimonio material. San Andrés de Valvení pasó a depender de esta en 1165, hasta 1175, fecha en la que se independizó y después se desplazaría a Palazuelos. Después de una etapa de cierta decadencia, la casa se recuperó gracias a la reforma que introdujo fray Martín de Vargas que la hizo sede de la Congregación Cisterciense de Castilla (hasta 1553) a la vez que dejaba de depender de Berdoues para quedar sujeta al monasterio de Santa Maria de Poblet.
Durante los siglos XVII y XVIII se hicieron obras muy importantes en el monasterio a la vez que reunía un importante patrimonio mobiliario. La vida monástica de la casa se vio afectada con los acontecimientos del siglo XIX, primero con la ocupación durante la guerra de la Independencia, después la exclaustración temporal durante el Trienio Liberal y finalmente la desamortización que significó la expulsión definitiva de la comunidad y su paso a manos particulares para dedicarlo a la explotación agraria. A partir de 1950 los alrededores del monasterio se colonizaron y, finalmente, fue adquirido por el obispado de Valladolid. Durante la segunda mitad del siglo XX y sobre todo a finales de esta época, el lugar se ha ido restaurando, pasando a ser la sede de la Fundación Las Edades del Hombre.
Filiación de Valbuena
Según el Originum Cisterciensium (L. Janauschek, 1877)- ANTÓN, Francisco (1942). Monasterios medievales de la provincia de Valladolid. Valladolid: Santarén
- GARCÍA FLORES, Antonio (1996). La iglesia del monasterio de Valbuena, panteón de los Señores de Aguilafuente. Cistercium, núm. 207
- GARCÍA FLORES, Antonio (2010). Arquitectura de la Orden del Císter en la provincia de Valladolid (1147-1515). Junta de Castilla y León
- GARCÍA FLORES, Antonio; i altres (2001). El proyecto de revitalización del Monasterio de Santa María de Valbuena (San Bernardo, Valladolid). Su vertiente arqueológica. BSAA, vol. 67
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel; dir. (2002). Enciclopedia del Románico en Castilla y León. Valladolid. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real
- JANAUSCHEK, Leopoldus (1877). Originum Cisterciensium. Vol. 1. Viena
- TORNÉ, Josep (1996). Martín de Vargas y las dificultades iniciales de la congregación cisterciense de Castilla. Humanismo y Cister
- VELASCO, José Luis (2009). Monasterio de Santa María de Valbuena. Argaya, núm. 39
- VICENTE PRADAS, José María; i altres (2006). Monasterio de Santa María de Valbuena. Lleó: Edilesa