Se trata de un monasterio cisterciense fundado en 1164 con la intervención de Alfonso VIII y la llegada de monjes del monasterio de Valbuena de Duero (Valladolid) que impulsarían aquella nueva comunidad. En 1175, el propio Alfonso VIII ratificó la fundación y posesión del lugar, que hasta ese momento los cistercienses ocupaban en precario.
Quizás debido a su situación, apartado de los centros de poder, se mantuvo como casa modesta dentro de la orden del Císter; sin embargo, fue recibiendo bienes y privilegios de la monarquía castellana a lo largo de los años. Más adelante pasaría a depender del monasterio de San Bernardo o Monte Sión de Toledo como priorato suyo. Tras sufrir los efectos del Trienio Liberal, la comunidad todavía se mantuvo hasta la desamortización, momento en que pasó a manos particulares y los edificios monásticos fueron cayendo en ruina. En los últimos años se han realizado trabajos de conservación y restauración.
Filiación de Bonaval
Según el Originum Cisterciensium (L. Janauschek, 1877)Abadía de Morimond (Alto Marne)
Monasterio de Valbuena (Valladolid) / 1143
Monasterio de Bonaval / 1164
- BAU FORN, Asunción (1999). El Monasterio de Bonaval. Cistercium, núm. 215
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel; dir. (2009). Enciclopedia del románico. Guadalajara. Fundación Santa María la Real Centro de Estudios del Románico
- HERRERA, Antonio (1974). Monasterios y conventos en la provincia de Guadalajara. Guadalajara: I.C. Marqués de Santillana
- HERRERA CASADO, Antonio (1997). Monasterios medievales de Guadalajara. Guadalajara: Aache Ed.
- JANAUSCHEK, Leopoldus (1877). Originum Cisterciensium. Vol. 1. Viena
- MANRIQUE, Angel (1642). Cisterciensium Annalium, Vol. 2. Lió: L. Anisson
- VALIENTE, Esther (2016). El Monasterio de Santa María de Bonaval: estudio, diagosis y vestigio de la arquitectura cisterciense. Tesi doctoral. Universitat Politècnica de València