Es tracta d’un monestir cistercenc fundat l’any 1164 amb la intervenció d’Alfons VIII i l‘arribada de monjos del monestir de Valbuena de Duero (Valladolid) que impulsarien aquella nova comunitat. L’any 1175, el mateix Alfons VIII va ratificar la fundació i possessió de l’indret, que fins aquell moment els cistercencs ocupaven a precari.
Potser a causa de la seva situació, apartat dels centres de poder, va mantenir-se com a casa modesta dins l'orde del Cister; tot i això, va anar rebent béns i privilegis de la monarquia castellana en el decurs dels anys. Més endavant passaria a dependre del monestir de San Bernardo o de Monte Sión de Toledo com a priorat seu. Després de patir els efectes del Trienni Liberal, la comunitat encara va mantenir-se fins a la desamortització, moment en què va passar a mans particulars i els edificis monàstics van anar caient en ruïna. En els darrers anys s'hi han fet treballs de conservació i restauració.
Filiació de Bonaval
Segons l'Originum Cisterciensium (L. Janauschek, 1877)
- BAU FORN, Asunción (1999). El Monasterio de Bonaval. Cistercium, núm. 215
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel; dir. (2009). Enciclopedia del románico. Guadalajara. Fundación Santa María la Real Centro de Estudios del Románico
- HERRERA, Antonio (1974). Monasterios y conventos en la provincia de Guadalajara. Guadalajara: I.C. Marqués de Santillana
- HERRERA CASADO, Antonio (1997). Monasterios medievales de Guadalajara. Guadalajara: Aache Ed.
- JANAUSCHEK, Leopoldus (1877). Originum Cisterciensium. Vol. 1. Viena
- MANRIQUE, Angel (1642). Cisterciensium Annalium, Vol. 2. Lió: L. Anisson
- VALIENTE, Esther (2016). El Monasterio de Santa María de Bonaval: estudio, diagosis y vestigio de la arquitectura cisterciense. Tesi doctoral. Universitat Politècnica de València
Al terme de Retiendas (Guadalajara) prop de l'embassament del Vado