La tradició situa la fundació del convent de San Francisco de Lugo en l’època de sant Francesc, i fins i tot s’esmenta la seva participació personal després de la peregrinació a Santiago de Compostel·la. Aquest relat, que es repeteix en altres convents, s’ha volgut situar a l’any 1214. Tanmateix, en realitat no hi ha indicis de la presència dels framenors a la ciutat fins al darrer quart d’aquell segle.
Excepcionalment, el convent es va situar a l’interior del recinte de muralles de l’antiga ciutat romana de Lucus Augusti, a causa dels amplis espais lliures que encara existien quan els mendicants (franciscans i dominics) hi van arribar. Els primers frares haurien vingut en la dècada dels vuitanta del segle XIII, i sembla que el seu assentament ja era reconegut als anys noranta, estant plenament actius a finals de segle. Durant la segona meitat del segle XIV, es va aixecar l’església gòtica; en aquella època, el convent gaudia del patronatge, entre d'altres, dels comtes de Lemos.
Entre els anys 1425 i 1510, es van dur a terme importants obres de millora a l’església per iniciativa del comte Fradrique Enríquez (1388-1430), qui volia construir-hi un mausoleu familiar, en el qual ja s’havien enterrat alguns dels seus avantpassats. El 1638, el convent va ser víctima d’un incendi, del qual només es van salvar l’església i el claustre. Ja en el segle XIX, el 1809, va patir una ocupació i saqueig, però va mantenir l’activitat fins a l’exclaustració. A partir de 1835, ja sense la comunitat franciscana, es va convertir en una casa de beneficència i l’església en parròquia, que el 1915 va prendre l’advocació de San Pedro. Des de mitjans del segle XX, és la seu del Museo Provincial. El 1893, els framenors van tornar a la ciutat, i van ocupar l’antic seminari.
- CASTRO, Manuel (1984). La provincia franciscana de Santiago. Ocho siglos de historia. Santiago de Compostel·la: Liceo Franciscano
- GOY DIZ, Ana E. (2015). San Francisco de Lugo: de Convento a Museo Provincial. CEPESE
- LÓPEZ, Atanasio (1914). Memorias históricas de la Provincia de Santiago. El Eco Franciscano, núm. 494
- PÉREZ MARTÍNEZ, Marta (1996). Arquitectura mendicante en Galicia, el ejemplo de San Francisco de Lugo. Estudios mindonienses, núm. 12
- TARRÍO, Santiago B. (2012). La arquitectura de las órdenes mendicantes en Galicia, análisis gráfico de los templos franciscanos. Tesi. Universidade da Coruña
- VILLAAMIL Y CASTRO, José (1904). Iglesias gallegas de la Edad Media. Madrid: San Francisco de Sales