Segons Yepes, en aquest indret podria haver existit un monestir benedictí l'any 997, però la poca consistència de la font fa que aquesta afirmació hagi de ser rebutjada. Ja l’any 1151, Alfons VII va fer una donació d’unes terres ermes al lloc anomenat Meira, cosa que fa pensar que en aquell moment el monestir encara no existia. Álvaro Rodríguez (†1167), el beneficiari d’aquella donació, i la seva esposa, Sancha Fernández, serien els responsables de la nova fundació. El fet és que, el 1154, el mateix Alfons va fer una nova donació, aquest cop a Vidal de Meira, primer abat d’aquesta casa.
D’altra banda, es té notícia de l’existència d’una inscripció, ara perduda, que situava la fundació cistercenca l’any 1142. Tot plegat permet afirmar que la fundació del monestir en aquest indret es va efectuar entre els anys 1151 i 1154, sense descartar que fos el resultat del trasllat d’una comunitat formada en un altre indret el 1142; de fet, les cròniques cistercenques li assignen la data de 1143. Sigui com sigui, la nova casa es va fundar des de l’abadia de Claravall (Aube) i es considera que hi va intervenir directament Bernat de Claravall (1090-1153). Durant un llarg període de temps, Meira fou beneficiària dels favors de la monarquia, la qual cosa li permeté gaudir d’una còmoda posició econòmica.
Durant el segle XIII, el monestir va mantenir enfrontaments amb senyors feudals de la rodalia, els bisbes de Mondoñedo i altres monestirs del mateix orde a causa de diferències de caràcter econòmic. De Meira depenien dues abadies cistercenques femenines, la de San Salvador de Ferreira i la de Santa Maria de Moreira (Castroverde). El 1504, aquesta última es va convertir en priorat de Meira, ja sense comunitat femenina. Durant el segle XV, aquesta casa, com la majoria dels monestirs de l’entorn, passava per una època de decadència, deguda sobretot a l’existència d’abats comendataris poc vinculats a les comunitats que dirigien.
A Meira, però, aquesta situació no era tan angoixant com en altres monestirs. De totes maneres, la casa fou reformada, i el 1503 es va afiliar a la Congregació Cistercenca de Castella, fet que va portar aquest establiment a una època d’estabilitat que va permetre la renovació arquitectònica del monestir. Al segle XVI, es va emprendre la construcció d’un nou claustre en substitució de l’anterior i un altre de nova planta, amb les seves dependències annexes. A finals d’aquell segle, s’hi va establir un col·legi de filosofia.
Ja al segle XIX, el monestir i col·legi de Meira van patir els efectes de la Guerra del Francès, quan fou transformat en hospital. Un cop recuperat i restaurat, va patir una nova dispersió temporal dels monjos arran del Trienni Liberal, que va desmantellar novament el monestir. Posteriorment, la desamortització de 1835 el va deixar definitivament sense comunitat religiosa. El monestir es trobava en estat de ruïna quan, el 1845, fou cedit a l’Ajuntament. Més endavant es van restaurar algunes de les dependències, especialment l’església, i actualment només es conserva aquest edifici i una part de les dependències, amb restes del claustre del segle XVI, ocupades per la rectoria i les oficines municipals.
Filiació de Meira
Segons l'Originum Cisterciensium (L. Janauschek, 1877)- FREIRE CAMANIEL, José (1998). El monacato gallego en la alta edad media, vol. II. La Corunya: Fund. Pedro Barrié de la Maza
- GARROTE RECAREY, María (2011). Santa María de Meira. Transformaciones del monasterio y génesis de la villa. Abrente, núm. 42-43
- JANAUSCHEK, Leopoldus (1877). Originum Cisterciensium. Vol. 1. Viena
- MANRIQUE, Angel (1642). Cisterciensium Annalium, Vol. 1. Lió: L. Anisson
- PÉREZ GONZÁLEZ, José María; dir. (2018). Enciclopedia del Románico en Galicia. Lugo. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real
- PÉREZ RODRÍGUEZ, Francisco Javier (2008). Mosteiros de Galicia na Idade Media. Ourense: Deputación Provincial de Ourense
- SÁ BRAVO, Hipólito de (1972). El monacato en Galicia. Vol. 1. La Corunya: Librigal
- VILLAAMIL Y CASTRO, José (1904). Iglesias gallegas de la Edad Media. Madrid: San Francisco de Sales
- YAÑEZ NEIRA, Damián (1988). Aproximación al abadologio de santa María de Meira. Compostellanum, vol. 33, núm. 3-4
- YAÑEZ NEIRA, Damián (1993). El monasterio cisterciense y la villa de Santa María de Meira. Diputación P. de Lugo
- YAÑEZ NEIRA, Damián; coord. (2000). Monasticón cisterciense gallego, vol. 2. Lleó: Edilesa
- YEBRA DE ARES, Antón (1994). La arquitectura cisterciense en Santa María de Meira. Boletín do Museo Provincial de Lugo, núm. 6
- YEPES, Antonio de (reed. 1960). Crónica General de la Orden de San Benito. Vol. III. Madrid: Atlas