En el segle XVI, un plet va confirmar el patronatge reial del priorat de Xunqueira. Sota la direcció del prior Alonso de Piña (1513-1544) es van portar a terme importants obres de millora de l’església, el seu mobiliari i les dependències annexes, és en aquesta època que es desenvolupa la vila al seu voltant. El 1602 l’establiment fou annexat a la diòcesi de Valladolid malgrat l’oposició mostrada per la mateixa canònica. Els bisbes de Valladolid van passar a senyors de la col·legiata i de les seves quantioses riqueses. Amb la desamortització es va dissoldre la canònica i el 1853 va prendre el caràcter d’església parroquial.

Ara és l'església parroquial de Xunqueira de Ambía, a llevant d'Allariz