En 1059, Geoffroy de Champallement (obispo de Auxerre entre 1054 y 1076), con la aprobación del conde Guillermo I de Nevers (c. 1029-c. 1098), donó al abad Hugo de Cluny (1024-1109) una iglesia en ruinas dedicada a la Virgen, situada en el lugar de Seyr, con la finalidad de establecer allí una casa monástica. Esta donación, recogida en una carta de 1059, se considera el acto de fundación del priorato de Notre-Dame de La Charité, aunque existe una tradición que atribuye al lugar un origen más antiguo.
Esta tradición sitúa la existencia de un establecimiento monástico en este lugar hacia el año 700. Según esta narración, se trataría de un monasterio de grandes dimensiones que habría sido destruido por una incursión de los vándalos a mediados del siglo VIII, restaurado durante el reinado de Pipino el Breve (751-768) y nuevamente destruido hacia 781. El lugar habría quedado abandonado hasta la fundación cluniacense de 1059. Sin embargo, las investigaciones arqueológicas han aportado indicios de una ocupación anterior, aunque la existencia de un monasterio en este período no puede establecerse con certeza.
Después de la fundación, el priorato experimentó un período de gran prosperidad, favorecido por numerosas donaciones, que permitieron su desarrollo, la construcción de las dependencias monásticas y la gran iglesia de Notre-Dame, iniciada a finales del siglo XI. Esta iglesia habría sustituido a un primer templo dedicado a Saint-Laurent, de origen antiguo, probablemente anterior al siglo XI. Se trataría de la primera iglesia dedicada a la Virgen mencionada en el acto de 1059, que habría sido utilizada hasta los siglos XVI-XVII, probablemente con funciones funerarias. En este sector se han encontrado restos de época merovingia. Por otra parte, bajo la nave de la iglesia de Notre-Dame, ocupada actualmente por una plaza, se han descubierto los restos de otra capilla.
La casa de La Charité tuvo un estatus particular dentro del mundo cluniacense, que compartía solamente con otros cuatro prioratos: Saint-Martin-des-Champs (París), Sauxillanges (Puy-de-Dôme), Lewes (Inglaterra) y Souvigny (Allier). A lo largo de su existencia impulsó y administró un número importante de prioratos dependientes, entre ellos los de Saint-Christophe de Halatte (Oise), Saint-Agnan de Cosne (Nièvre) y Longueville (Sena Marítimo). En 1107, el papa Pascual II consagró la iglesia y firmó dos bulas que confirmaban las posesiones de La Charité.
Hasta el siglo XIV, el priorato conservó el derecho a elegir a su prior sin la intervención de Cluny. Más adelante, esta libertad se vio restringida por los nombramientos reales y, en 1486, fue designado el primer prior comendatario, el cardenal Carlos II de Borbón († 1488). El priorato sufrió diversas adversidades que lo afectaron en distintos grados: un incendio en 1201, los efectos de la guerra de los Cien Años durante la primera mitad del siglo XV y un nuevo incendio en 1559, que obligó a emprender su reconstrucción. Poco después, durante las guerras de Religión, sufrió nuevas destrucciones, que comportaron la pérdida de gran parte de la nave de la iglesia, reducida a solo cuatro tramos.
Se trataba de un establecimiento monástico de grandes dimensiones, con una comunidad numerosa. El Voyage littéraire de deux religieux bénédictins... menciona una comunidad de doscientos religiosos, una cifra que ilustra la importancia que había alcanzado el priorato. Con el paso del tiempo, sin embargo, el número de monjes se fue reduciendo hasta poco más de una docena en el momento de la supresión. Esta se produjo durante la Revolución, a partir de 1789, y en 1793 se vendieron los bienes del priorato. En 1804 se restableció el culto en la iglesia de Notre-Dame, en detrimento de las otras iglesias de la villa. Los espacios conventuales fueron destinados a diversas actividades, tanto comerciales como industriales. En época contemporánea, el priorato ha sido objeto de excavaciones, recuperación y restauración. La cabecera de Saint-Laurent fue descubierta en 1974.
De las construcciones anteriores a la fundación de 1059, cabe mencionar las ruinas de la iglesia de Saint-Laurent (siglos X-XI) y los restos de una segunda iglesia situada bajo la plaza, en el sector correspondiente a las naves derribadas en el siglo XVI. De la iglesia de Notre-Dame se conservan el transepto y la cabecera, iniciados a finales del siglo XI y ampliados en el siglo siguiente con un deambulatorio dotado de cinco capillas radiales. De las naves solo se conservan cuatro tramos. En el extremo occidental se encuentran el campanario románico y el antiguo portal de la iglesia, que da acceso a un espacio abierto, con la nueva fachada construida después de las destrucciones del siglo XVI. Cabe destacar los dos portales conservados, con una notable decoración escultórica, datables entre los años 1130 y 1135.
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