El origen de este monasterio se encuentra en un eremitorio que alrededor del año 1000 estaba ocupado por el eremita Gombaud quien dio nombre al lugar. A su alrededor se fueron reuniendo otros eremitas, años después Pierre de l'Étoile se encontraba al frente de aquella colonia, que disponía de una iglesia dedicada a san Julián de Le Mans. En 1091 Pierre de l'Étoile decidió transformarla en un monasterio benedictino que situaría al otro lado del río, y fue su primer abad. La casa tuvo un rápido desarrollo acumulando bienes y propiedades en todo el territorio circundante, lo que le permitió fundar un número importante de prioratos dependientes de ella. También permitió construir una gran iglesia monástica, edificio que se consagró en 1141. Esta época de prosperidad se prolongó hasta mediados del siglo XIV cuando Fontgombault resultó afectado por la guerra de los Cien Años, después llegó el régimen comendatario (1500) pero el golpe más grave vino en 1569, cuando fue ocupado por los calvinistas, su iglesia quedó prácticamente destruida y la comunidad se tuvo que acomodar a los edificios ruinosos dificultando el correcto desarrollo de la reducida comunidad que quedaba.

Abadía de Fontgombault

Después de un corto resurgimiento, en 1742 la casa fue suprimida, más adelante se intentó la implantación de nuevas comunidades pero no cuajaron, en 1791 el lugar pasó a manos públicas a raíz de la Revolución, lo que agravó el estado de ruina de las construcciones. En 1849 comenzó la restauración monástica y física del lugar con la llegada de monjes trapenses que se mantuvieron aquí hasta su expulsión en 1903. En 1948 se restauró la comunidad benedictina desde la abadía de Solesmes, desde entonces forma parte de su congregación.