El origen de la abadía benedictina de Notre-Dame de Fontgombault se remonta a los alrededores del año 1000 cuando, según la tradición, este lugar estaba ocupado por el ermitaño Gombaud. Con el tiempo, otros ermitaños se fueron reuniendo a su alrededor. A finales del siglo XI, el magister Pierre de l’Étoile estaba al frente de una colonia eremítica que disponía de una iglesia dedicada a san Julián de Le Mans.
Ilustración de Légendes des origines de l'abbaye de Notre-Dame de Fontgombaut
Hermano de Isembaud, fundador de la abadía de l’Étoile (Vienne). Mantuvo relación con otras personalidades del mundo monástico, como Bernardo de Tiron († 1116), Robert de Arbrissel (c. 1045-c. 1117) o Vidal de Savigny (c. 1050-1122), fundador de Savigny (Manche). Murió en 1114 y fue enterrado en la sala capitular de Fontgombault. Su sepultura se perdió en 1569 a consecuencia de las guerras de Religión, pero fue redescubierta en 1954.
En 1091, Pierre de l’Étoile decidió transformar el eremitorio en un monasterio benedictino, que se estableció al otro lado del río, y fue su primer abad. Probablemente, uno de aquellos ermitaños era Isembaud († 1140), hermano de Pierre de l’Étoile, quien hacia 1120 abandonó Fontgombault para fundar otras abadías, entre ellas la de Notre-Dame de l’Étoile (Vienne). Esta casa conoció un rápido desarrollo gracias al apoyo de la nobleza. Guillermo X de Aquitania (1130), Robert de Lisle, vizconde de Blois (1208), y los condes de Poitiers, entre otros, contribuyeron a su prosperidad, permitiéndole acumular bienes y propiedades por todo el territorio circundante.
Ello le permitió fundar un importante número de prioratos dependientes. En 1145, el papa Eugenio III confirmó sus posesiones. En esta época de prosperidad se construyó la gran iglesia monástica, consagrada en 1141. Esta situación favorable se prolongó hasta mediados del siglo XIV, cuando Fontgombault se vio afectada por la guerra de los Cien Años, a pesar de haber sido fortificada. Durante la segunda mitad del siglo XV, una vez restablecida la normalidad, el monasterio fue restaurado. En 1500 se instauró el régimen comendatario, circunstancia que también provocó episodios de violencia.
Pero el golpe más grave llegó en 1569, cuando la abadía fue ocupada por los calvinistas. Su iglesia quedó prácticamente destruida y la comunidad tuvo que instalarse en edificios ruinosos, lo que dificultaba el normal desarrollo de la vida monástica de la reducida comunidad que aún permanecía en el lugar. Finalmente, la iglesia quedó inservible y se habilitó una capilla, utilizada hasta 1693, cuando se rehabilitó la cabecera. En 1741, los cuatro monjes que aún residían allí abandonaron el monasterio. Más adelante se intentó establecer otras comunidades, pero ninguna de ellas prosperó.
En 1791 el lugar fue vendido a raíz de la Revolución, hecho que agravó todavía más el estado ruinoso de las construcciones. En 1849 comenzó la restauración material y también monástica del lugar con la llegada de monjes trapenses, que permanecieron allí hasta su expulsión en 1903. En 1948 se restauró la comunidad benedictina con monjes procedentes de la abadía de Solesmes (Sarthe) y, desde entonces, forma parte de su congregación. En 1954, durante las obras de restauración, se descubrió el sepulcro de Pierre de l’Étoile, que fue trasladado y acondicionado en la iglesia, consagrada de nuevo aquel mismo año.
La iglesia actual conserva la estructura del siglo XII. Se trata de una construcción de tres naves que comunican con el transepto. A continuación se abre la cabecera, formada por un espacio presbiterial flanqueado por dos naves paralelas al transepto. Dispone de una girola que comunica con las naves laterales de la iglesia. Esta girola tiene tres capillas radiales, a las que hay que añadir dos capillas absidiales más, abiertas a los brazos del transepto. Toda esta cabecera no sigue exactamente el mismo eje que las naves, sino que presenta una ligera desviación. Las naves de la iglesia se habían perdido y fueron reconstruidas, ya que solo se habían conservado parcialmente los muros laterales. La portada occidental, de medio punto y con decoración escultórica, también es medieval.
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