L’origen d’aquest monestir es troba en un ermitori que al voltant de l’any 1000 estava ocupat per l’eremita Gombaud qui va donar nom al lloc. Al seu voltant es van anar aplegant altres eremites, anys després Pierre de l’Étoile es trobava al front d’aquella colònia, que disposava d’una església dedicada a sant Julià de Le Mans. El 1091 Pierre de l’Étoile va decidir transformar-la en un monestir benedictí que situaria a l’altre costat del riu, i en fou el seu primer abat. La casa va tenir un ràpid desenvolupament acumulant béns i propietats arreu del territori circumdant, el que li va permetre fundar un nombre important de priorats dependents. També va permetre bastir una gran església monàstica, edifici que es va consagrar el 1141. Aquesta època de prosperitat es va allargar fins mitjans del segle XIV quan Fontgombault va resultar afectat per la guerra dels Cent Anys, després va arribar el règim comendatari (1500) però el cop més greu va venir el 1569, quan fou ocupat pels calvinistes, la seva església va quedar pràcticament destruïda i la comunitat es va haver d’acomodar als edificis ruïnosos dificultant el correcte desenvolupament de la reduïda comunitat que hi quedava.

Abadia de Fontgombault

Després d’una curta revifalla, el 1742 la casa fou suprimida, més endavant es va intentar la implantació de noves comunitats però no van quallar, el 1791 el lloc va passar a mans públiques arran de la Revolució, el que va agreujar l’estat de ruïna de les construccions. El 1849 va començar la restauració monàstica i física del lloc amb l’arribada de monjos trapencs que s’hi van mantenir fins la seva expulsió el 1903. El 1948 es va restaurar la comunitat benedictina des de l’abadia de Solesmes, des de llavors forma part de la seva congregació.