Hom sap que el 1025 es va consagrar l’església de Sant Joan Baptista de Perpinyà amb presència del comte del Rosselló que tenia el seu palau al costat. En aquella església, l’any 1102 s’hi va fundar una canònica agustiniana, operació avalada pels comtes Guislabert II i Estefania, a més del pertinent vist-i-plau del bisbe d’Elna. La casa comtal del Rosselló va donar suport a aquella comunitat amb la concessió de béns amb la finalitat de garantir la seva supervivència. En els anys següents l’activitat constructiva en aquella església fou molt important i hi ha constància de donacions fetes per ajudar la seva construcció. Tot i que el bisbe tenia la seva seu a Elna, la importància que va anar prenent Perpinyà va fer que aquesta canònica quedés d’alguna manera vinculada a la seu episcopal.

El 1452, el priorat benedictí de Sant Iscle, també a Perpinyà i ara desaparegut, fou unit a aquesta canònica. El 1508, un cop edificada l’església actual al costat de la vella, la comunitat canonical s’hi va traslladar. A finals del mateix segle aquesta casa fou secularitzada i poc després, el 1602, es va convertir en seu episcopal en detriment d’Elna, esdevenint la catedral de Perpinyà. Al costat de l’actual catedral s’aixeca l’antiga construcció romànica de la col·legiata de Sant Joan el Vell. De tot el conjunt cal destacar la portada amb esplèndides escultures de començament del segle XIII. Una part d’aquella antiga construcció forma ara la capella de la Mare de Déu dels Còrrecs, amb una absidiola de l’antiga església, ara un annex de la catedral.