Además de la comunidad benedictina, alrededor de la iglesia de Sainte- Radegonde donde se conservaban los restos de la fundadora se reunió una comunidad de clérigos que debían servir las necesidades religiosas de las monjas. Estaban vinculados y algunas actuaciones hacen pensar que dependían de la autoridad de la abadesa, de hecho esa vinculación generó en muchas ocasiones episodios de enfrentamiento entre las dos comunidades.

En 865 Poitiers resultó muy afectado por una invasión normanda y tanto el monasterio como Sainte-Radegonde quedaron dañados, sobre todo esta última, época en que el cuerpo de la santa fue trasladado a Saint-Benoît de Quinçay por un periodo de tiempo corto, ya que cuando los mismos monjes de Saint-Benoît tuvieron que abandonar la casa poco después llevándose sus reliquias, las de Radegunda ya no estaban. Un diploma de Luis II el Tartamudo del año 878 puso el monasterio de Sainte-Croix bajo su protección, al tiempo que le confirmaba los bienes.

A mediados del siglo XIV, la guerra de los Cien Años afectó directamente este monasterio y obligó a llevar a cabo importantes obras de reparación en muchas de las dependencias. Asimismo la situación de inestabilidad en la región provocó una notable disminución de los ingresos que debían permitir el mantenimiento y desarrollo del monasterio. Durante el siglo XV las monjas se vieron obligadas a llevar a cabo obras de fortificación en diferentes lugares que el monasterio tenía en el territorio. El estado de decadencia se agravó con episodios de luchas internas dentro de la casa, que a finales del siglo XV llevaron incluso a su ocupación por las armas, con pillaje y maltratos a las monjas.

Esta abadía mantuvo fuertes relaciones con el monasterio de Fontevraud (Maine y Loira). Aunque nunca llegó a depender de allí, algunas abadesas de Sainte-Croix eran monjas de Fontevraud, casa que mantenía una regla propia. A comienzos del siglo XVI Fontevraud se encargó de reformar el monasterio de Poitiers que se había relajado en sus costumbres, haciendo más estricta la clausura y la vida comunitaria que había desaparecido en la práctica, además de poner orden en los asuntos económicos particulares de las monjas. En este contexto, llegaron monjas de Fontevraud como garantes de la aplicación rigurosa de las nuevas normas .

También sufrió los efectos de las guerras de Religión, a mediados del siglo XVI, lo que repercutió en la situación económica a la vez que el mismo monasterio fue ocupado y utilizado como punto de defensa de la ciudad, sufriendo importantes destrucciones (1569). A comienzos del siglo XVII la casa se ​​restauraba tanto de las pérdidas materiales como en la recuperación de la práctica de la observancia.

A raíz de la Revolución el monasterio fue clausurado, aunque en 1789 se pudo mantener en precario debido al número de monjas (más de veinte) que evitó su cierre inmediato, finalmente en 1792 se puso a la venta mientras que las monjas fueron expulsadas y se dispersaron. Poco a poco se fue restaurando la comunidad y recuperaron algunos de los espacios que aún quedaban. En 1932 recuperó la condición de abadía y 1965 la comunidad se trasladó a Saint-Benoît, al sur de la ciudad, en el lugar de La Cossonière, donde todavía mantiene su actividad.

En Poitiers, en el lugar donde se encontraba el antiguo monasterio, se conservan algunos restos de la iglesia de época merovingia, que con el transcurso del tiempo se iría ampliando y modificando hasta su destrucción a causa de la Revolución. Cerca de allí está la capilla sobre la antigua celda de santa Radegunda (Pas-de-Dieu), reconstruida modernamente. En este lugar se ha creado el museo de Sainte-Croix. Un poco apartada se encuentra la actual iglesia de Sainte-Radegonde, con el sepulcro de la santa.