Es una abadía conocida desde el siglo VII, cuando era una pequeña celda dependiente de la canónica de Saint-Hilaire-le-Grand de Poitiers. A finales del siglo VIII, el abad de Saint-Hilaire (Aton, que el 799 se convertiría en obispo de Saintes) restauró la casa y la pobló con monjes benedictinos (799), poco después, antes del 808, llegaron unos canónigos de Saint-Hilaire, también bajo la Regla de San Benito. En ese momento la casa estaba dedicada también a san Hilario, el obispo de Poitiers, pero el 830 llegaron las reliquias de san Juniano, abad del siglo VI del cercano monasterio de Mairé, que había quedado en ruinas. A raíz de ello, en adelante el lugar pasó a ser conocido bajo la advocación de Saint-Hilaire y Saint-Junien y finamente sólo con la de éste último. Aquellas reliquias fueron traídas por el abad y la comunidad de Mairé que también se quedaron en Nouaillé a causa a la destrucción de su casa.

Iglesia del monasterio

La abadia de Saint-Junien, representada en:
Veüe de l'Abbaye de Noaillé prez poictiers
Dibuix de Louis Boudan, 1699
Bibliothèque nationale de France

Un diploma de Pipino I de Aquitania del año 827, dio total autonomía al monasterio. Nouaillé sufrió los efectos de los acontecimientos bélicos que afectaron a la región, una incursión normanda del 863, un saqueo en 1356 en el marco de las guerras de los Cien Años, que lo dejó en estado de ruina que se mantendría durante muchos años, hasta su restauración, en 1473. Finalmente el lugar resultó incendiado por hugonotes en 1569 con el resultado de la iglesia prácticamente inservible, su restauración también fue lenta, esta se impulsó con la entrada de Nouaillé en la congregación de Saint-Maur en 1615, pero no se pudo consagrar de nuevo el templo hasta el 1640. La vida comunitaria terminó a finales del siglo XVIII, con la Revolución, los bienes se pusieron a la venta y se perdió buena parte de su patrimonio.

Iglesia del monasterio