És una abadia coneguda des del segle VII, quan era una petita cel·la depenent de la canònica de Saint-Hilaire-le-Grand de Poitiers. A finals del segle VIII, l’abat de Saint-Hilaire (Ató, que el 799 esdevindria bisbe de Saintes) va restaurar aquella casa i la va poblar amb monjos benedictins (799), poc després, abans del 808, s’hi van afegir uns canonges de Saint-Hilaire, també sota la Regla de Sant Benet. En aquell moment la casa estava dedicada també a sant Hilari, el bisbe de Poitiers, però el 830 van arribar les relíquies de sant Junià, abat del segle VI del proper monestir de Mairé, que havia quedat en ruïnes i arran d’això, en endavant el lloc va passar a ésser conegut sota l’advocació de Saint-Hilaire i Saint-Junien i finament només amb la d’aquest darrer. Aquelles relíquies foren portades per l’abat i la comunitat de Mairé que també es van quedar a Nouaillé a causa de la destrucció de la seva casa.

Església del monestir

L'abadia de Saint-Junien, representada a:
Veüe de l'Abbaye de Noaillé prez poictiers
Dibuix de Louis Boudan, 1699
Bibliothèque nationale de France

Un diploma de Pipí I d’Aquitània de l’any 827, va donar total autonomia al monestir. Nouaillé va patir els efectes dels esdeveniments bèl·lics que afectaren la regió, una incursió normanda del 863, un saqueig el 1356 en el marc de les guerres dels Cent Anys, que el va deixar en estat de ruïna que es mantindria durant molts anys, fins la seva restauració, el 1473. Finalment el lloc va resultar incendiat pels hugonots el 1569 amb el resultat de l’església pràcticament inservible, la seva restauració també fou lenta, aquesta es va impulsar amb l’entrada de Nouaillé a la congregació de Saint-Maur el 1615, però no es va poder consagrar de nou el temple fins el 1640. La vida comunitària va acabar a finals del segle XVIII, amb la Revolució, els béns es van posar a la venda i es va perdre bona part del seu patrimoni.

Església del monestir