Se trata de una casa cisterciense que tiene su origen en un monasterio benedictino conocido como São João de Vellaria que quizás ya existía el 1110. Entre en 1140 y 1144 esta casa fue reformada y pasó a la órbita cisterciense, momento en que se trasladó al sitio actual, más adecuado y cambiando el nombre por São João de Tarouca, la primera piedra de la casa se ​​puso el 1152 y la iglesia fue consagrada en 1169. Se convirtió en un centro de importancia e incluso desde aquí se fundaron otros monasterios cistercienses.

Desde Claraval se impulsó la reforma del monasterio (1533) tarea que fue encomendada a dos monjes del monasterio de Piedra (Aragón). La casa fue suprimida temporalmente (entre el 1543 y finales del mismo siglo) por los problemas generados en la reforma anterior. En el siglo XVIII vivió una época de prosperidad y esto queda reflejado en la decoración del interior de la iglesia que se embelleció en aquella época. En 1834 el convento fue clausurado, los monjes expulsados ​​y los bienes vendidos en subasta. La iglesia aún mantiene su actividad pero las dependencias monásticas fueron expoliadas y ahora en ruina.