Es tracta d’una casa cistercenca que té el seu origen en un monestir benedictí conegut com São João de Vellaria que potser ja existia el 1110. Entre en 1140 i 1144 aquesta casa fou reformada i va passar a l’òrbita cistercenca, moment en que es va traslladar al lloc actual, més adient i canviant el nom per São João de Tarouca, la primera pedra de la casa es va posar el 1152 i l’església fou consagrada el 1169. Va esdevenir un centre d’importància i fins i tot des d’aquí es van fundar altres monestirs cistercencs.

Des de Claravall es va impulsar la reforma del monestir (1533) tasca que fou encomanada a dos monjos del monestir de Piedra (Aragó). La casa fou suprimida temporalment (entre el 1543 i finals del mateix segle) pels problemes generats en la reforma anterior. Al segle XVIII va viure una època de prosperitat i això queda reflectit en la decoració de l’interior de l’església que es va embellir en aquella època. El 1834 el convent fou clausurat, els monjos expulsats i els béns venuts en subhasta. L’església encara manté la seva activitat però les dependències monàstiques foren espoliades i ara en ruïna.