Una tradició diu que la capella de Santa Reparada es va aixecar en aquest indret a conseqüència d'una intervenció miraculosa d'aquella santa en un cas de naufragi. Més enllà d'això, hom sap de l'existència de l'església des de l'any 889, quan s'esmenta en un precepte del rei franc Odó atorgat al monestir de Sant Pau de Fontclara.
L'any 1698 la vila de Begur va donar-la als mínims amb la finalitat que s'hi establissin, cosa que van fer l'any 1699 després de l'obtenció de les llicències oportunes. Van mantenir aquella primitiva capella i al seu costat es va edificar el convent que va tenir activitat fins a l'exclaustració, moment en què va passar a mans particulars. Ara el lloc s'ha adaptat com establiment hoteler.
Bibliografia:
- ABADAL, Ramon d’ (2007). Catalunya Carolíngia. Vol. II. Els diplomes carolingis a Catalunya. 1. Barcelona: Institut d’Estudis Catalans
- BADIA I HOMS, Joan (1989). Catalunya romànica. Vol. VIII. L’Empordà I. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- BARRAQUER I ROVIRALTA, Gaietà (1906). Las casas de religiosos en Cataluña durante el primer tercio del siglo XIX. Tomo II. Barcelona: F. J. Altés
- GAVÍN, Josep M. (1983). Inventari d'esglésies. Vol. 14. Baix Empordà. Barcelona: Arxiu Gavín
- SUBIRANA, Narcís (2014). L’ermita i el convent de Santa Reparada. Revista del Baix Empordà. Núm. 47