La canònica agustiniana de Santa Maria d'Ullà fou fundada l'any 1121 per Pere Vidal prop de la riba del Ter, al sud de l'actual població del mateix nom. En aquella època el lloc estava exposat a la pirateria a causa de la seva proximitat amb el mar, de fet, l'any 1178 fou saquejat en un atac dels pirates que van matar alguns canonges i s'endugueren altres com esclaus. A més, el lloc estava exposat a les riuades del Ter i a finals d'aquell segle la casa havia quedat envaïda per la sorra.
Hom va aixecar llavors una nova església sobre l’anterior, que fou consagrada l’any 1182, alhora que li eren confirmades les seves possessions, especialment esglésies parroquials properes. La canònica es va secularitzar el 1592 i va continuar la seva activitat com a col·legiata regular. El 1804 els canonges es van traslladar a la nova església situada en un lloc elevat al centre de la població, l’actual església parroquial, que conserva una imatge romànica coneguda com Mare de Déu de la Fossa. De les antigues esglésies superposades es conserven algunes restes al sud de la població, tot i que no són visibles.
- BADIA I HOMS, Joan; VIGUÉ, Jordi (1989). Santa Maria d’Ullà. Catalunya romànica. Vol. VIII. L’Empordà. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- MONSALVATJE, Francesc (1908). Nomenclator histórico de las iglesias... Noticias históricas, XVI. Olot: J. Bonet
- MONSALVATJE, Francisco (1904). Los monasterios de la diócesis gerundense. Noticias históricas XIV. Olot: J. Bonet
- VILLANUEVA, Jaime (1851). Viage literario a las iglesias de España. Vol. XV. Viage a Gerona y a Roda. Madrid: Imprenta de la Real Academia de la Historia
Les antigues esglésies estarien situades al sud-oest d'Ullà
La col·legiata i actual església parroquial de Santa Maria és al centre del nucli habitat