La abadía benedictina de Sant Pere de Besalú fue fundada en 977 por el conde-obispo Miró III Bonfill, quien la puso bajo el patrocinio de la Santa Sede. Además le hizo donación de diversos derechos y posesiones, entre los cuales algunas iglesias. En el año siguiente incrementó aquellas primeras donaciones con algunas más. El fundador también hizo llegar desde Francia las reliquias de los santos mártires Primo y Feliciano. Su existencia fue oficializada en 979 con una bula emitida por el papa Benedicto VII donde, además, se confirmaban sus posesiones y la vinculación directa con Roma, que se reservaba el derecho a elegir el abad.
La iglesia monástica fue consagrada en 1003 por Bernat Tallaferro, también conde de Besalú, quien hizo esfuerzos para incrementar el patrimonio del monasterio con nuevas donaciones. Las complicaciones y diferencias entre el condado de Besalú y la abadía aparecieron con el sucesor de Bernardo, Guillem I el Gras, que incluso fue excomulgado por apropiarse de bienes del monasterio. Pretendiendo su reforma, el conde Bernat II la unió en 1070 a San Víctor de Marsella (Bocas del Ródano) unión que duró poco, consta que el año 1086 ya no dependía de aquella abadía provenzal.
En el año 1111 el condado de Besalú se unió con el de Barcelona y esto ocasionó de manera indirecta que mejorara la prosperidad del centro monástico debido a que el abad se convirtió en la primera autoridad de Besalú. En esta época, bajo Ramon Berenguer III y los años siguientes, aún se vio incrementado el patrimonio del monasterio.
En 1424 le fue unido el priorato de Sant Joan les Fonts (Garrotxa) esta época de prosperidad se prolongó hasta el siglo XV y mermó considerablemente con la llegada de los abades comendatarios, ya en el siglo XVI. Dentro de una maniobra de reorganización monástica del territorio, en 1592 le fueron unidos los monasterios de Sant Llorenç del Mont (Alt Empordà) y de Sant Quirze de Colera (Alt Empodà) al mismo tiempo que se integraba en la Congregación Claustral Tarraconense. Sufrió los efectos negativos de la Guerra de los Segadores y a mediados del siglo XVI el lugar se encontraba en condiciones lastimosas e incluso durante un corto período de tiempo se trasladó aquí el noviciado de la orden benedictina. Más adelante vivió un resurgimiento económico que le permitió acometer obras de mejora de las dependencias monásticas.
De nuevo sufrió los efectos bélicos, a finales del siglo XVIII con la Revolución Francesa que a pesar de no afectar directamente Besalú, conllevó la pérdida de los objetos de valor. La Guerra de la Independencia transformó la abadía en cuartel y se derribó el claustro. En 1835 el monasterio fue suprimido a raíz de la desamortización. Poco después se recuperó el uso de la iglesia, sufrió nuevas destrucciones y un intento de refundación monástica. Con la Guerra Civil, ya en el siglo XX, volvió a sufrir destrozos; como resultado de los acontecimientos desfavorables de estos dos últimos siglos, el monasterio perdió o vio dispersado su patrimonio mobiliario y archivo.
Se conserva la iglesia de época románica, de tres naves y un ábside semicircular que las cubre en su totalidad, incluyendo un deambulatorio. Tiene un transepto con unos pequeños ábsides abiertos en el grueso de los muros, no aparentes exteriormente. El deambulatorio está separado del presbiterio por unas columnas dobles con capiteles de buena factura pero que han sufrido los efectos del incendio de 1936. La fachada principal, a poniente, es sencilla, sólo con un ventanal flanqueado por dos figuras de leones; debajo, la puerta de entrada con una columna a cada lado y una única arquivolta.
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