L'abadia benedictina de Sant Pere de Besalú fou fundada el 977 pel comte-bisbe Miró III Bonfill, que la va posar sota el patrocini de la Santa Seu. A més li va fer donació de diversos drets i possessions, entre els quals algunes esglésies. L’any següent va incrementar aquelles primeres donacions amb algunes més. El fundador també va fer arribar des de França les relíquies dels sants màrtirs Prim i Felicià. La seva existència fou oficialitzada l’any 979 amb una butlla emesa pel papa Benet VII on, a més, es confirmaven les seves possessions i la vinculació directa amb Roma, que es reservava el dret a triar abat.
L’església monàstica fou consagrada el 1003 per Bernat Tallaferro, també comte de Besalú, qui va fer esforços per incrementar el patrimoni del monestir amb noves donacions. Les complicacions i diferències entre el comtat de Besalú i l’abadia van aparèixer amb el successor de Bernat, Guillem I el Gras, que fins i tot fou excomunicat per apropiar-se de béns del monestir. Amb intent de reformar-la, el comte Bernat II la va unir el 1070 a Sant Víctor de Marsella (Boques del Roine) unió que va durar ben poc, consta que l’any 1086 ja no depenia d’aquella abadia provençal.
L’any 1111 el comtat de Besalú va unir-se amb el de Barcelona i això va ocasionar de manera indirecta que millorés la prosperitat del centre monàstic degut a que l’abat va esdevenir la primera autoritat de Besalú. En aquesta època, sota Ramon Berenguer III i els anys següents, encara es va veure incrementat el patrimoni del monestir.
El 1424 li fou unit el priorat de Sant Joan les Fonts (Garrotxa) aquesta època de prosperitat es perllongà fins el segle XV i va minvar considerablement amb l’arribada dels abats comendataris, ja al segle XVI. Dins una maniobra de reorganització monàstica del territori, el 1592 li foren units els monestirs de Sant Llorenç del Mont (Alt Empordà) i de Sant Quirze de Colera (Alt Empodà) alhora que s’integrava a la Congregació Claustral Tarraconense. Va patir els efectes negatius de la Guerra dels Segadors i a mitjan del segle XVI el lloc es trobava en condicions llastimoses i fins i tot durant un curt període de temps es va traslladar aquí el noviciat de l’orde. Més endavant va viure un revifalla econòmica que li permeté emprendre obres de millora de les dependències monàstiques.
Patí novament els efectes bèl·lics a finals del segle XVIII amb la Revolució Francesa que tot i no afectar directament Besalú, va comportar la pèrdua dels objectes de valor. La Guerra del Francès va transformar l’abadia en caserna i es va enderrocar el claustre. El 1835 el monestir fou suprimit a ran de la desamortització. Poc després es va recuperar l’ús de l’església, va patir noves destruccions i un intent de refundació monàstica. Amb la Guerra Civil, ja al segle XX, va tornar a patir destrosses; com a resultat dels esdeveniments desfavorables d’aquests dos darrers segles, el monestir va perdre o va veure dispersat el seu patrimoni mobiliari i arxiu.
Es conserva l’església d’època romànica, de tres naus i un absis semicircular que les cobreix en la seva totalitat, incloent un deambulatori. Té un transsepte amb uns petis absis oberts en el gruix dels murs, no aparents exteriorment. El deambulatori està separat del presbiteri per unes columnes dobles amb capitells de bona factura però que han patit els efectes de l'incendi de 1936. La façana principal, a ponent, és senzilla, només amb un finestral flanquejat per dues figures de lleons; sota seu, la porta d’entrada amb una columna a cada costat i una única arquivolta.
- BARRAQUER I ROVIRALTA, Gaietà (1906). Las casas de religiosos en Cataluña durante el primer tercio del siglo XIX. Vol. 1. Barcelona: F. J. Altés
- BARTOLOMÉ, Laura; i altres (2003). Sant Pere de Besalú. 1003-2003, una història de l’Art. Besalú: Ajuntament de Besalú
- COSTA, Xavier (2019). Paisatges monàstics. El monacat alt-medieval als comtats catalans (segles IX-X). Tesi doctoral. Universitat de Barcelona
- GALIMANY I ARNAU, Manuel (1990). Sant Pere de Besalú. Catalunya romànica. Vol. IV. La Garrotxa. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- GAVÍN, Josep M. (1978). Inventari d'esglésies. Vol. 4. Garrotxa, Ripollès. Gtxa. 64. Barcelona: Artestudi
- MERINO, Antolín (1819). España sagrada. Vol. XLIII. De la santa Iglesia de Gerona y su estado antiguo. Madrid: Collado
- MONSALVATGE Y FOSSAS, Francesc (1890). Besalú, su historia, sus condes, su obispado y sus monumentos. Noticias históricas. Vol. II. Olot: J. Bonet
- MONSALVATGE Y FOSSAS, Francesc (1890). Los monasterios del antiguo condado de Besalú. Noticias históricas. Vol. VIII. Olot: J. Bonet
- MONSALVATGE Y FOSSAS, Francesc (1909). Nomenclator histórico de las iglesias... Noticias históricas. Vol. XVII. Olot: J. Bonet
- PALAHÍ, Lluís VIVÓ, David (1996). Excavacions al claustre de l'antic monestir de Sant Pere a Besalú. Quaderns de les Assemblees d’Estudis, núm. 8.
- PALAHÍ, Lluís; VIVÓ, David (2010). Memòria d'excavació a Prat de Sant Pere (Plaça dels Claustres). Generalitat de Catalunya
- SÉQUESTRA, Amand (1934). Sant Pere de Besalú. Abadia reial de la Congregació Benedictina Claustral Tarraconense (977-1835). Ed. Santa Maria del Mont