Una tradición infundada y sin verosimilitud atribuye la fundación de este monasterio a Carlomagno. La primera referencia cierta es indirecta y menciona una donación efectuada por el conde Sunyer (911-947) a Sant Pere de Galligants. E. Mallorquí interpreta que, a pesar de tratarse de un documento fechado en 1063, demuestra que la casa ya existía, al menos en 947.
A partir del año 949 existe más documentación relativa a asuntos de esta casa. En 1117, Sant Pere de Galligants fue anexionado por el monasterio de Lagrasse (Languedoc-Roussillon) según lo establecido en un documento firmado por Ramon Berenguer III, unión que más adelante confirmó el papa Gelasio II. Aunque los documentos se consideran falsos, la dependencia de Lagrasse es factible y de hecho se demuestra en otras actuaciones posteriores, por otra parte, parece que ese vínculo tampoco duró mucho tiempo. El monasterio de Sant Pere de Galligants ejercía la jurisdicción civil y criminal sobre el arrabal de San Pedro, que se extendía a la orilla derecha del río Galligants.
Tenía parroquia propia y la iglesia de Sant Nicolau formaba parte de ello, ésta habría tenido funciones parroquiales, dejando la iglesia de Sant Pere a disposición de la comunidad. Durante el siglo XII esta última iglesia se reconstruyó, sustituyendo a una anterior dando paso a la actual. La casa sufrió particularmente la ocupación francesa de 1285, cuando la comunidad se vio obligada a abandonarla temporalmente. Más adelante el burgo de San Pedro y el mismo monasterio fueron rodeados de una muralla que hizo levantar Pedro el Ceremonioso en 1375, esta obra afectó a la cabecera de la iglesia que sirvió de defensa de la ciudad en este sector.
Aunque no mantuvo una comunidad numerosa, las rentas y posesiones eran importantes y sus dominios se extendían por los alrededores de Girona y también por la Selva y el Baix Empordà. En 1592 y en el marco de una reorganización general, el papa Clemente VIII le unió los monasterios, también benedictinos, Sant Miquel de Fluvià (Alt Empordà) y Sant Miquel de Cruïlles (Baix Empordà), que se encontraban en franca decadencia. Debido a su situación, el monasterio fue víctima en varias ocasiones de las guerras y, por su proximidad al río Galligants, de las inundaciones. Sufrió gravemente los efectos de la guerra de la Independencia que dejó el establecimiento prácticamente en ruinas. Los monjes no pudieron regresar hasta 1814 y no se llegó a recuperar nunca del todo, en 1836 fue clausurado.
El lugar se utilizó como cuartel, lo que no pudo impedir nuevas inundaciones que lo volvieron a afectar (en 1843 y 1861). Después de esto, las pérdidas se compensaron con mobiliario procedente de otros lugares, especialmente del convento de Sant Josep, de los carmelitas descalzos. La iglesia del monasterio siguió con sus funciones en calidad de parroquia, mientras que las demás dependencias se convirtieron en Museu Provincial, inaugurado en 1870. Después de la guerra Civil se incorporó la iglesia desafectada y desde 1992 el conjunto es la sede gerundense del Museu d’Arqueologia de Catalunya.
Se conserva la iglesia y el claustro de época románica, se ha perdido el resto de dependencias. Lo que queda todavía es de difícil interpretación y datación debido a las intervenciones y reparaciones hechas en el transcurso de su historia, las murallas, inundaciones, guerras... La iglesia es de planta basilical con tres naves; tiene un transepto irregular: en el sur se abren dos absidiolas, en el norte dos más, pero dispuestas de manera diferente: una a levante y la otra en el norte. En este brazo del transepto se levanta el campanario, de planta octogonal. Interiormente, la iglesia conserva algunos capiteles historiados que han querido vincularse al Maestro de Cabestany. En la fachada de poniente, se encuentra la portada, que se ha visto como un elemento anterior a la fábrica de la iglesia actual, sobre ella se encuentra un rosetón, ahora trasladado, que podría situarse entre los siglos XII y XIII.
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