En 942 el monasterio fue destruido completamente debido a una invasión y eso obligó a su reconstrucción, consta que la nueva iglesia, esta vez construida con bóveda de piedra, se consagró el 957. En 977 Banyoles participó también en la fundación del monasterio de Sant Pere de Besalú. En 1078 el conde Bernat II de Besalú lo sujetó a San Víctor de Marsella, de hecho se trataba de una donación a aquella abadía de la Provenza que fue confirmada posteriormente por las autoridades eclesiásticas. Sin embargo, se piensa que esta dependencia de Marsella fue más bien nominal, excepto los primeros años.

Gracias al apoyo de los condes de Cerdanya, desde Sant Esteve se establecieron los prioratos de Santa Maria de Finestres (Garrotxa), Sant Marçal de Montseny (Barcelona), Sant Nicolau de Calabuig (Girona), Sant Genís de Esprac (Girona) y Sant Julià del Mont (Garrotxa). Durante el primer cuarto del siglo XIII dejó de depender de San Víctor y hacia el 1227 se integró en la Congregación Claustral Tarraconense.

Los edificios monásticos resultaron dañados a raíz de los terremotos que sufrió Banyoles en los años 1427 y 1428. En la misma época y bajo el gobierno del abad Guillem de Pau (1409-1443) se hizo el retablo de la Virgen de la Escala y la arqueta de San Martirià, actualmente las dos piezas artísticas más preciadas del monasterio. A principios del siglo XVI, el establecimiento monástico estuvo regido por abades comendatarios que no eran elegidos por la comunidad, el cargo se había convertido en una prebenda que iba a manos de personajes ajenos a la casa. A mediados del mismo siglo los abades llegaban al cargo por designación real. Un hecho excepcional en la historia del monasterio fue la muerte del abad Antoni de Cartellà (1618-1622) a consecuencia de la explosión de un barril de pólvora colocado en su cuarto.

En 2010 se recuperó en buena parte la arqueta de San Martirià (1413-1453), una pieza singular del taller de los Artau de Girona, que había sido robada en 1980.

La iglesia aún guarda el Retablo de la Virgen de la Escala (1437-39?), obra de dimensiones importantes de Juan Antigó.