Aquest monestir fou fundat cap al 1240, una butlla de Gregori IX d'aquesta data agraeix els esforços de la reina Violant d'Hongria per fer efectiu l'establiment de les clarisses a la ciutat de Lleida. La fundació es va fer amb una comunitat formada per monges procedents de Saragossa. La casa es va dedicar a Santa Isabel i després de l'aprovació de la Regla, el 1263, es va començar a utilitzar el nom de Santa Clara.
Santa Clara en la seva ubicació al Clot de les Monges
Detall d'un dibuix d'Anton Van der Wyngaerde (1563)
Inicialment s'establiren al lloc anomenat Secanet de Sant Pere, que el 1464 va patir els efectes d'un setge. Van malviure durant uns anys a l'indret del Clot de les Monges, lloc que els franciscans observants de Santa Maria de Jesús havien ocupat fins al 1480. Les clarisses es van refer de la situació de decadència el 1576 quan la casa fou repoblada i refundada amb monges procedents de Barcelona (dels monestirs de Pedralbes i Santa Maria de Jerusalem). Aquell any van abandonar el Clot de les Monges, lloc que no reunia les condicions adequades, per anar a l'antic convent de Sant Francesc, que feia uns anys que estava desocupat i en aquell moment era propietat dels observants.
El 1596 es van celebrar en aquesta església els funerals organitzats per la ciutat en memòria del rei Felip II. El 1618 les clarisses van col·laborar en la fundació del convent de Montsó. A començament de segle XVII s'hi feien importants obres de reparació, romangueren en aquest lloc fins al 1645 data en què, arran de les destruccions motivades per la guerra dels Segadors, retornaren altre cop al Clot de les Monges fins al 1658, quan la casa va caure en ruïna. Des de llavors van ocupar diversos indrets fins a la construcció el 1733 d'un nou convent, que encara es conserva prop de Sant Llorenç, una construcció que es va fer amb els materials procedents de l'antiga església de Sant Francesc. La comunitat es va traslladar el 2006 al monestir de Pedralbes de Barcelona i les dependències conventuals van passar a mans municipals.
- BERLABÉ, Carme (2001). Notes sobre els convents de Lleida al segle XVII. La Lleida del segle XVII. Lleida: Pagès Editors
- LLADONOSA, Josep (1972-74). Història de Lleida. Vol. I i II. Tàrrega: F C Calmet
- MATEU, Josefina (1994). El monasterio de Santa Clara de Lérida. Notas para su historia. Las clarisas en España y Portugal. Actas II/2. Madrid: Archivos e Historia
- PAULÍ MELÉNDEZ, Antoni (1970). El Reial Monestir de Santa Maria de Jerusalem de Barcelona. Barcelona: Emporuim
- SAINZ DE BARANDA, Pedro (1850). España Sagrada. Tomo XLVII. De la santa Iglesia de Lérida en su estado moderno. Madrid: Real Academia de la Historia, 1850
- SANAHUJA, Pere (1935). Monestir dels framenors observants de Lleida. Analecta Sacra Tarraconensia. Vol. XI. Barcelona: Biblioteca Balmes
- SANAHUJA, Pere (1959). Historia de la seráfica provincia de Cataluña. Barcelona: Ed. Seráfica
- TARRAGONA, Jesús; BERLABÉ, Carme (1997). Convent de Santa Clara. Catalunya romànica. Vol. XXIV. El Segrià, Garrigues, Pla d'Urgell, Segarra, Urgell. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- Enllaç ↗ : Claustra
El primer convent es trobava al Secanet de Sant Pere
El segon al Clot de les Monges
Convent de Sant Francesc, tercera ubicació de les clarisses
Darrer convent de Santa Clara, entre la Catedral i el Museu de Lleida