Segons una inscripció que es trobava en el temple, ara perduda, el monestir de San Salvador fou fundat el 1063 per Elvira Sánchez, i ja en aquell moment el va dotar econòmicament. Hi ha diferents interpretacions per identificar el personatge, que segurament, estava relacionat amb la monarquia castellanolleonesa, el 1079, aquesta casa formava part dels béns de la reina Constança de Borgonya († 1093), esposa d’Alfons VI de Lleó, i, a la seva mort, el rei la va donar al monestir de Sahagún (Lleó).
Des d’aquell moment, es va convertir en un priorat d’aquella abadia. L’any 1162, el bisbe Raimundo de Palència va consagrar una nova església. Es tractava d’un monestir modest, amb una petita església que es va ampliar al segle XIII, passant llavors d’una a tres naus. El 1390, es va fundar el monestir de San Benito el Real de Valladolid, també vinculat amb Sahagún, una part de la seva comunitat va sortir d’aquesta de Nogal. Al segle XVII es van refer bona part de les dependències monàstiques, va mantenir-se fins a l’exclaustració amb una activitat mínima, més aviat administrativa. Fou abandonat el 1835 a causa de la desamortització. Llavors va passar a mans particulars, i es va adaptar la mateixa església com habitatge. El conjunt va caure en ruïnes, darrerament s’han portat a terme obres de consolidació i restauració.
- ESCALONA, Romualdo (1782). Historia del Real Monasterio de Sahagún. Madrid: Joachin Ibarra, 1782
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel; dir. (2002). Enciclopedia del Románico en Castilla y León. Palencia. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real
- SIMÓN Y NIETO, Francisco (1899). El monasterio de San Salvador de Nogal. Su estado actual. Breve noticia de su historia. Recientes descubrimientos epigráficos. Boletín de la Real Academia de Historia, núm 35