Las primeras noticias que se tiene de este monasterio datan del año 1144, en una donación de carácter fundacional efectuada por Alfonso VII a la comunidad que lo ocupaba, seguidora en aquel momento de la Regla de San Benito. No está demasiado clara la fecha en que la casa entró en la órbita cisterciense. En 1147 les fue entregado el monasterio de Nuestra Señora de la Armedilla (Valladolid) que más adelante se convertiría en una casa de la orden jerónima, en aquella donación se menciona que los monjes de Sacramenia trabajaban con sus manos, lo que ha hecho pensar que ya estaba ocupado por el Císter. La confirmación documental de su condición cisterciense no se encuentra hasta en 1179, en un bula de Alejandro III.

Aunque resultó beneficiada con numerosas donaciones de bienes, derechos y rentas, en el siglo XIII el monasterio se encontraba en decadencia. En la segunda mitad del siglo XV fue asaltado por Pedro de Luna, que lo saqueó y poco después, en 1481, se integró a la Congregación de Castilla. En 1674 fue víctima de un incendio, lo que obligó a llevar a cabo importantes obras de reparación. Ya en el siglo XIX, el monasterio fue víctima de los infortunios de la época, con una primera exclaustración debido a la guerra de la Independencia y una segunda durante el Trienio Liberal, a causa de la cual en 1823 la casa se encontraba en un estado lamentable. En 1835 la desamortización acabó definitivamente con la comunidad monástica, el conjunto pasó a manos particulares excepto la iglesia que se convirtió parroquial, aún así esta se dividió y una parte se encontraba en ruinas.

La historia de este monasterio continúa con su ruina progresiva y el desgraciado episodio de la venta de sus piedras en 1925 y su traslado a Estados Unidos donde una serie de eventos, entre los cuales la depresión de 1929 hizo que las cajas con las piedras procedentes del monasterio desmontado quedaran almacenadas durante muchos años. En 1951 cambiaron de propietario y desde 1964 el claustro, junto con otras dependencias y piezas de otros lugares forman parte del Monastery of St. Bernard of Clairvaux Church, en Miami.