Se trata de un monasterio cisterciense fundado desde la abadía de Pontigny (Yonne) gracias al apoyo de Milon, señor de Courtenay, quien se dirigió al abad de la abadía borgoñona, Hugues de Mâcon, para pedirle su apoyo y la aportación de una primera comunidad para la nueva casa que él se encargaría de impulsar económicamente. El 1124 una comunidad de doce monjes bajo la autoridad de Esteban, el primer abad, llegó desde Pontigny. Milon de Courtenay también colaboró económicamente en el establecimiento de otros monasterios dentro del territorio del Gâtinais, donde se encontraba su señoría. La primera capilla levantada en este lugar se dedicó a la Magdalena. A la muerte del fundador (1127) fue enterrado en el monasterio. El año 1147, el abad Esteban obtuvo del papa Eugenio III una bula otorgando protección a la nueva abadía y en 1163 una nueva bula de Alejandro III lo ratificaba.

La iglesia de la abadía de Fontainejean

La iglesia de la abadía de Fontainejean

A partir del 1140 se construyó la iglesia abacial que debía substituir a la primera capilla, el 1173 el arzobispo de Sens se encargaba de su consagración. Hacia el 1185 fue elegido un nuevo abad, Guillermo, pero en 1187 éste fue nombrado abad del monasterio de Chaalis (Oise) y el 1199 arzobispo de Bourges, cargo que mantuvo hasta el 1209, fecha de su muerte. Es uno de los personajes más importantes que pasaron por esta casa, venerado por la Iglesia como santo. La abadía disfrutó de una larga época de prosperidad económica, situación que se deterioró a causa de una cierta relajación de las costumbres en el siglo XIII. Todo ello terminó afectado por la guerra de los Cien Años, a mediados del siglo XIV las propiedades de Fontainejean y la propia abadía sufrieron sus consecuencias. Esta situación se repitió durante la primera mitad del siglo XV.

Iglesia del monasterio, según un grabado de Ange-René Ravault de 1820
Médiathèque d'Orléans - Aurelia - ICO P 96