Es tracta d’un monestir cistercenc fundat des de l’abadia de Pontigny gràcies al suport de Milon, senyor de Courtenay, qui es va dirigir a l’abat de l’abadia borgonyona, Hugues de Mâcon, per demanar-li el seu suport i l’aportació d’una primera comunitat per a la nova casa que ell s’encarregaria d’impulsar econòmicament. El 1124 una comunitat de dotze monjos sota l’autoritat d’Esteve, el primer abat, va arribar des de Pontigny. Milon de Courtenay també va col·laborar econòmicament en l’establiment d’altres monestirs dins el territori del Gâtinais, on es trobava la seva senyoria. La primera capella aixecada en aquest lloc es va dedicar a la Magdalena. A la mort del fundador (1127) fou enterrat al monestir. L’any 1147, l’abat Esteve va obtenir del papa Eugeni III una butlla atorgant protecció a la nova abadia i el 1163 una nova butlla d’Alexandre III ho ratificava.

L'església de l'abadia de Fontainejean

L'església de l'abadia de Fontainejean

A partir del 1140 es va bastir l’església abacial que havia de rellevar la primera capella, el 1173 l’arquebisbe de Sens s’encarregava de la seva consagració. Cap el 1185 fou elegit un nou abat, Guillem, però el 1187 aquest fou nomenat abat del monestir de Chaalis (Oise) i el 1199 arquebisbe de Bourges, càrrec que va mantenir fins el 1209, data de la seva mort. És un dels personatges més importants que van passar per aquesta casa, venerat per l’Església com a sant. L’abadia va gaudir d’una llarga època de prosperitat econòmica, situació que es va ressentir, però, d’un cert relaxament dels costums al segle XIII. Tot plegat va acabar afectat per la guerra dels Cent Anys, a mitjan del segle XIV les propietats de Fontainejean i la pròpia abadia van patir les seves conseqüències. Aquesta situació es va repetir durant la primera meitat del segle XV.

Església del monestir, segons un gravat de Ange-René Ravault de 1820
Médiathèque d'Orléans - Aurelia - ICO P 96