L’assentament monàstic de l’Île-Barbe té un caràcter força peculiar que de ben segur li ve donat per dos factors, el primer és la seva naturalesa insular (està situat al bell mig del Saona, poc abans de l’aiguabarreig amb el Roine) i el segon la seva antiguitat, tot plegat fa que conservi una estructura física diferent de la majoria de monestirs, amb diversos llocs de culte escampats per l’illa, que s’ha comparat amb el cas de l’abadia de Lerins (Alps Marítims). Deixant de banda tradicions que fins i tot situen l’arribada del cristianisme a l’illa en temps apostòlics, hom té notícies del monestir des de començament del segle V moment en que Gregori de Tours hi situa l’arribada d’un deixeble de sant Martí. A causa de les modificacions que ha anat patint el lloc, sobretot després de les guerres de Religió i de la Revolució, es fa difícil la lectura dels diferents espais monàstics, treball en el que hi té un paper important l’arqueologia. En els seus inicis el monestir tindria també una vessant eremítica, el que pot explicar els diferents llocs de culte. Per aquest monestir hi haurien passat grans personatges de monacat primitiu, com ara sant Romà de Condat abans de fundar el monestir després conegut Saint-Claude (Jura). L’Île-Barbe també hauria tingut algun paper en la fundació del monestir de Saint-Maurice d'Agaune (Valais, Suïssa).

Després de destruccions produïdes arran de les incursions sarraïnes hom disposa de notícies més concretes, com ara la restauració impulsada des del bisbat de Lió a començament del segle IX. Aquesta restauració es va complementar amb l’adopció de la Regla de Sant Benet, introduïda a l’illa gràcies a la intervenció de Benet d’Aniana. A partir d’aquell moment l’abadia es va anar desenvolupant i adquirint importància, durant l’època medieval va arribar a tenir una comunitat d’un centenar de monjos, es van bastir (o reconstruir) diverses esglésies, alguna d’elles amb precedents més antics, a més disposava d’un important nombre de priorats que hi depenien. Fou l’època de màxima esplendor, en endavant va anar entrant en decadència, en el segle XVI va passar al règim de comenda i el 1549 es va secularitzar, convertint-se en una col·legiata.