El asentamiento monástico de l’Île-Barbe presenta un carácter singular, probablemente determinado por dos factores principales: por un lado, su naturaleza insular —ya que se sitúa en medio del Saona, poco antes de la confluencia con el Ródano— y, por otro, su gran antigüedad. Estas circunstancias explican que conserve una estructura física diferente de la mayoría de los monasterios, con diversos lugares de culto repartidos por la isla, un hecho que a menudo se ha comparado con el caso de la abadía de Lérins (Alpes Marítimos).
Más allá de las tradiciones que sitúan la llegada del cristianismo a la isla en época apostólica, se tienen noticias del monasterio desde comienzos del siglo V, momento en que Gregorio de Tours sitúa allí la llegada de un discípulo de san Martín. Las numerosas transformaciones que ha experimentado el lugar, especialmente tras las guerras de Religión y la Revolución, dificultan la lectura de los distintos espacios monásticos, una tarea en la que la arqueología desempeña un papel fundamental.
En sus orígenes, el monasterio debió de tener también un componente eremítico, lo que podría explicar la presencia de varios lugares de culto. Por este establecimiento habrían pasado figuras destacadas del monacato primitivo, como san Román de Condat († 463), antes de fundar el monasterio que más tarde sería conocido como Saint-Claude (Jura). L’Île-Barbe también habría tenido cierto papel en la fundación del monasterio de Saint-Maurice d’Agaune (Valais, Suiza). Tras las destrucciones provocadas por las incursiones sarracenas, las noticias se vuelven más precisas, como la restauración impulsada desde el obispado de Lyon a comienzos del siglo IX.
Esta restauración se completó con la adopción de la regla de san Benito, introducida en la isla gracias a la intervención de Benito de Aniano. A partir de entonces, la abadía se desarrolló y adquirió una notable importancia: durante la Edad Media llegó a contar con una comunidad de alrededor de un centenar de monjes, se construyeron —o reconstruyeron— varias iglesias, algunas con precedentes más antiguos, y disponía asimismo de un importante número de prioratos dependientes. Este fue el período de máximo esplendor; posteriormente el monasterio entró en decadencia, adoptó el régimen comendatario en el siglo XVI y, en 1549, fue secularizado y transformado en colegiata.
El golpe definitivo llegó en 1562, cuando el lugar fue asaltado y devastado, perdiéndose numerosas estructuras, entre ellas la iglesia principal, la de Saint-Martin (Saint-Martin-et-Saint-Loup), a la que estaban adosados el claustro y la sala capitular. La destrucción de esta iglesia obligó a trasladar las funciones de la colegiata a la iglesia de La Madeleine, hasta que en 1620 regresaron a Saint-Martin, ya reconstruida, de la que solo se conserva un extremo del crucero.
La Revolución dejó el conjunto en manos privadas y el lugar se reconvirtió en diversas residencias. Al este de la iglesia de Saint-Martin se conservan las pequeñas iglesias de La Madeleine y, algo más alejada, la de Saint-André —actualmente Sainte-Anne—. En el lado sur se encuentran los importantes restos de la capilla de Notre-Dame, muy transformada, pero que aún conserva el campanario; antiguamente era utilizada por los peregrinos. Además de los edificios de culto, cabe mencionar las construcciones auxiliares y defensivas, que configuran un notable conjunto arquitectónico.
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