Hom coneix l'existència d'aquesta església dedicada a Santa Maria del Mar des del 1238, però no és fins al 1281 que s'esmenta com a casa monàstica, amb una tal Margarida com a priora. Hom coneix els noms d'altres priores en els anys següents. Es considera que la casa va entrar en decadència durant la segona meitat del segle XIV, les seves rendes eren molt reduïdes, en una visita del bisbe de l'any 1423 només hi figura una monja, Magdalena Vilar.
D’aquesta època es tenen notícies de disputes amb les benedictines de Sant Daniel de Girona. Aquestes diferències foren resoltes el 1424 a favor de Sant Daniel, tot i que la priora Magdalena encara va intentar la revocació de l’acord. L’extinció de la vida monàstica hauria tingut lloc en aquest període, hi ha constància que el 1452 l’establiment es trobava en estat de ruïna. Va esdevenir propietat de Sant Daniel, on es conserva l’arxiu del monestir, en algun moment posterior encara s’esmenta el càrrec de priora, un títol honorífic que ostentava una monja de Sant Daniel.
- AYMAR, Jaume; DARNACULLETA, Montserrat (2014). Calonge: un monestir i dos convents. Revista del Baix Empordà. Núm. 47
- BADIA I HOMS, Joan (1989). Santa Maria del Mar (o del Collet). Catalunya romànica. Vol. VIII. L’Empordà I. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- GAVÍN, Josep M. (1983). Inventari d'esglésies. Vol. 14. Baix Empordà. Barcelona: Arxiu Gavín
- LOAISA, Esther; MOLLA, Joan. (2013). El senyoriu dels cavallers Bedòs a Sant Antoni de Calonge als segles XIII i XIV. Estudis del Baix Empordà, núm. 32
- LOAISA, Esther; MOLLA, Joan. (2014). El monestir del Collet, bressol de Sant Antoni. Revista del Baix Empordà. Núm. 47
- MARQUÈS, Josep M. (1996). Set cenobis femenins de l’Empordà. Estudis del Baix Empordà. Vol. 15. Sant Feliu de Guíxols: Publicacions de l’Institut d’Estudis del Baix Empordà
- SAMSÓ, Rosalia (2003). Vincles del Monestir de Santa Maria del Mar de Calonge amb el de Sant Daniel de Girona. Estudis del Baix Empordà, núm. 22
- ZARAGOZA PASCUAL, Ernest (1995). Els monestirs de benedictines de l'Empordà. Estudis del Baix Empordà. Núm. 14
- Enllaç ↗ : Claustra
Prop del mar, en un turonet, a llevant del terme