Aquest monestir es va fundar el 1599 gràcies a la voluntat i l'empenta que li va donar Àngela Prat (Sor Àngela Margarida Serafina). Amb autorització de les autoritats locals, aquell mateix any es va procedir a la benedicció de la primera pedra del monestir en uns terrenys donats per Isabel Manrique, marquesa de Montesclaros, a la Riera d'en Prim, prop del carrer del Carme.
Convent de les Caputxines (1874)
Lluís Rigalt (1814-1894]
Reial Acadèmia Catalana de Belles Arts de Sant Jordi, Barcelona (Inv. 1126 D)
L'establiment es va posar sota l'advocació de santa Margarida i passà a anomenar-se Reial a causa a l'important suport que li va donar la reina Margarida d'Àustria en els seus començaments. La nova fundació fou confirmada pel papa Climent VIII (1604) i més endavant per Pau V (1608). El 1608 Àngela Serafina va morir en olor de santedat, fins i tot es van fer passos per la seva beatificació, però aquesta no es va arribar mai a formalitzar-se. En els primers temps hom va intentar que vinguessin monges de Milà per guiar la nova comunitat, però aquesta iniciativa no es va veure realitzada. La comunitat de frares caputxins de la ciutat va refusar en un principi fer-se càrrec de la tutela del nou establiment, i per això va quedar vinculat a la diòcesi.
El 1602, a causa de les limitacions que tenia la casa del carrer del Carme, el bisbe va cedir a la comunitat, de manera provisional i mentre es feien les obres d'adaptació, l'establiment de Montalegre que havien deixat les agustines i que en aquell moment s'havia destinat a seminari. Un cop acabades les reformes, el 1604, hi van poder retornar ja com a monestir regular. Aquell mateix any va començar l'obra de la nova església. Aquesta comunitat, pel fet de ser el protomonestir d'Espanya, va participar molt activament en les altres fundacions: l'Anunciació de Girona (1609) Sant Carles Borromeu de Manresa (1638) l'Assumpció de Mataró (1730) etc. La comunitat va mantenir la seva existència de manera estable fins que amb la guerra de Successió les monges es van veure obligades a abandonar el monestir i refugiar-se temporalment a Pedralbes.
Enderrocament del convent de les Caputxines (1874)
Lluís Rigalt (1814-1894]
Reial Acadèmia Catalana de Belles Arts de Sant Jordi, Barcelona (Inv. 1125 D)
Amb el segle XIX el monestir va entrar en un llarg període d'adversitats, començant per ocupació napoleònica (1809) i seguint amb un episodi de febre groga (1821) que va fer que una part de la comunitat fugís per refugiar-se a Manresa. El 1835 foren exclaustrades, però el 1844 hi van poder tornar, trobant-se amb les dependències conventuals malmeses a causa de la seva utilització com a caserna. Exclaustrades novament entre el 1869 i 1877, amb motiu de la reducció el nombre de convents, es van refugiar en aquells anys a Mataró; quan hi retornaren es van trobar les dependències tan afectades que ho van posar a la venda per traslladar-se fora de la ciutat; el 1878 es posava la primera pedra del nou monestir en uns terrens situats en el Camp de Galvany (Sant Gervasi) i el 1881 s'hi establiren.
Fou una de les cases que van quedar afectades per la Setmana Tràgica (1909), el que va significar la destrucció del nou monestir i la profanació de les restes mortals de les religioses, entre les quals els de la fundadora. També es perdé l'arxiu. Seguidament es desplaçaren per diversos llocs fins que entre el 1910-11 aixecaven un nou monestir al carrer Major de Sarrià, d'on foren expulsades el 1936. Un altre cop van donar tombs per diversos emplaçaments i el 1956 van poder inaugurar una nova seu, que fou enderrocada el 1989. El monestir encara manté la seva activitat a la ciutat de Barcelona al carrer de Pomaret.
Enderrocament del convent de les Caputxines (1874)
Lluís Rigalt (1814-1894]
Reial Acadèmia Catalana de Belles Arts de Sant Jordi, Barcelona (Inv. 1127 D)
- FOGUERES, Juan (1743). Epítome de la admirable vida de la V. M. Sor Angela Margarita Serafina. Barcelona: Suriá
- FONS, Ivan Pablo (1649). Historia y vida de la Venerable Madre Angela Margarita Serafina, fundadora de las religiosas capuchinas en España. Barcelona: Dexen
- GAVÍN, Josep M. (1993-96). Inventari d'esglésies. Vol. 26 i 27. Barcelonès (Barcelona Capital). Barcelona: Arxiu Gavín
- IRIARTE, Lázaro (1984). Àngela Serafina Prat. La fundadora que ha fet escola. Barcelona. Monestir de Santa Margarida
- PÉREZ SAMPER, María Ángeles 2000). Mujeres en ayunas. El sistema alimentario en los conventos femeninos de la España Moderna. Contrastes. núm. 11
- PI Y ARIMON, Andrés Avelino (1854). Barcelona antigua y moderna. Tomo 1. Barcelona: T. Gorchs
- VALENTÍ SERRA DE MANRESA (2002). Les clarisses-caputxines a Catalunya i Mallorca: de la fundació a la guerra civil (1599-1939). Barcelona: Facultat de Teologia de Catalunya