Els orígens del monestir es troben en una església documentada des del 1053 on es va retirar el monjo Guifré i la seva família, sota la protecció del bisbat de Vic. El 1066 es va consagrar l'església i es fundà l'abadia que molt aviat va començar a veure's beneficiada amb donacions a favor seu. Guifré fou el seu primer abat.
Després d'un començament prometedor, amb intents de fundar priorats dependents, va caure en decadència i a finals del segle XI es va convertir en un priorat subordinat a Sant Esteve de Banyoles. Cap al 1100 la comunitat de Sant Marçal va començar la construcció d'un nou monestir a Santa Magdalena de Mosqueroles (o Sant Marçal de Baix), amb la finalitat de traslladar-s'hi. Tot i que van abandonar la casa de Sant Marçal, finalment aquell trasllat no es va autoritzar i van haver de retornar, consagrant altre cop l'església. Des del segle XIV s'agreujà la decadència del lloc, on només hi havia un o dos monjos. El 1672 quedava unit a la Congregació Claustral Benedictina, ja sense vida comunitària i amb funcions més aviat parroquials.
Fotografia de Rossend Flaquer
Arxiu Fotogràfic Centre Excursionista de Catalunya
- GAVÍN, Josep M. (1990). Inventari d'esglésies. Vol. 23. Vallès Oriental. Barcelona: Arxiu Gavín
- PLADEVALL, Antoni (1961). Sant Marçal del Montseny. Antiguo monasterio y parroquia del Obispado de Vich. Ausa, núm. 35
- PLADEVALL, Antoni (1991). Sant Marçal del Montseny. Catalunya romànica. Vol. XVIII. El Vallès Occidental, el Vallès Oriental. Barcelona: Enciclopèdia Catalana
Sant Marçal és a tocar de la carretera de Sant Celoni a Viladrau, més enllà de Santa Fe