Esta abadía cisterciense fue fundada en 1132 desde el monasterio de Fontenay (Côte-d'Or), a la vez dependiendo de Cîteaux, ambas situadas en la Borgoña. Se dice que en la fundación intervino el mismo Bernardo de Claraval y que algunos de los monjes llegados a Sept-Fons eran parientes suyos. Era una casa humilde y pequeña que con el transcurso del tiempo cayó en decadencia y finalmente quedó prácticamente abandonada.

En 1656 Eustache de Beaufort fue nombrado abad comendatario de Sept-Fons y en 1661 se hizo cargo del lugar donde impulsó su reforma de una manera paralela a la que estaba llevando a cabo en aquella época Armand Jean Le Bouthillier de Rancé en La Trappe (Orne). Rápidamente se rehizo todo el monasterio y justo cuando su construcción había terminado (1789), la comunidad fue expulsada debido a la Revolución (1791) con el resultado de la muerte de muchos de sus miembros. El lugar fue vendido mientras sus monjes se refugiaban en lugares provisionales hasta que en 1816 pudieron recomprar Sept-Fons donde en 1845 retomaron su actividad. A partir de 1892 se unificaron las corrientes reformadas, entre ellas la de Sept-Fons, lo que dio lugar a la Orden de los Cistercienses Reformados de Notre Dame de la Trappe, o más simplemente los trapenses.