Aquesta abadia cistercenca fou fundada el 1132 des del monestir de Fontenay (Costa d'Or), alhora depenent de Cîteaux, totes dues situades a la Borgonya. Hom diu que en la fundació hi va intervenir el mateix Bernat de Claravall i que alguns dels monjos arribats a Sept-Fons eren parents seus. Era una casa humil i petita que amb el decurs del temps va caure en decadència i finalment va quedar pràcticament abandonada.

El 1656 Eustache de Beaufort fou nomenat abat comendatari de Sept-Fons i el 1661 es va fer càrrec del lloc on va impulsar la seva reforma d’una manera paral·lela a la que estava portant endavant en aquella època Armand Jean Le Bouthillier de Rancé a La Trappe (Orne). Ràpidament es va refer tot el monestir i just quan la seva construcció s’havia acabat (1789), la comunitat fou expulsada a causa de la Revolució (1791) amb el resultat de la mort de molts dels seus membres. El lloc fou venut mentre els seus monjos es refugiaven en llocs provisionals fins que el 1816 van poder recomprar Sept-Fons on el 1845 van reprendre la seva activitat. A partir de 1892 es van unificar els corrents reformats, entre les quals el de Sept-Fons, el que va donar lloc a l’Orde dels Cistercencs Reformats de Notre-Dame de la Trappe, o més simplement els trapencs.