El monestir d’Aulps es va fundar a finals del segle XI com una cel·la monàstica vinculada a l’abadia de Molesme (Costa d’Or) en aquell moment sota l’abadiat de Robert de Molesme i immers en un profund procés reformador que desembocaria en la creació de l’orde del Cister. En aquest context, cap el 1094, els monjos Gui i Guérin de Mousson van deixar Molesme per establir-se a Aulps sota la protecció dels senyors de Maurienne i Faucigny i el suport de Gui de Faucigny, bisbe de Ginebra. Es tractava d’un nucli monàstic benedictí on es realitzaven pràctiques properes a l’eremitisme. El ràpid desenvolupament d’Aulps va portar que el 1097 s’erigís en abadia, sota la direcció de Gui. Hom considera que en aquesta època d’expansió Aulps va participar en la fundació d’altres monestirs com ara el d’Hautecombe (Savoia) el de Bonmont (Suïssa) o el de Balerne (Jura) aquest amb tota seguretat. Una butlla del papa Calixt II del 1119 li garantia el dret d’elecció d’abat, deslligant-lo de la tutela episcopal. Aulps es va integrar a l’orde del Cister el 1136 (de manera paral·lela a les abadies esmentades anteriorment: Bonmont el 1131, Hautecombe el 1135 i Balerne el 1136). El 1138 l’abat Guérin va deixar el càrrec per ocupar el de bisbe de Sion, quan va morir (c1150) fou enterrat a l’església d’aquesta abadia.

Aulps havia acumulat poder econòmic i social, es va escampar arreu la devoció a les relíquies de l'abat sant Guérin però també va patir els efectes de la pesta (a mitjans del segle XIV). D’altra banda es va desenvolupar la vila de Saint-Jean-d’Aulps a recer del monestir. El 1468 s’inaugurava una nova època amb l’arribada del règim comendatari. La vida comunitària va acabar amb la Revolució el 1792-93 els monjos van abandonar el monestir, l’incendi de l’església parroquial de Saint-Jean-d’Aulps (1823) va desencadenar la destrucció de l’església de l’abadia per reaprofitar la pedra, que també es va destinar a altres construccions de la població. El 1902 va començar la seva protecció com a monument històric, en el darrer decenni del segle XX es van adquirir els terrenys de l’antic clos monàstic i va començar el seu estudi i recuperació.