El monasterio de Aulps se fundó a finales del siglo XI como una celda monástica vinculada a la abadía de Molesme (Côte d'Or) en ese momento bajo el abadiato de Roberto de Molesme e inmersa en un profundo proceso reformador que desembocaría en la creación de la orden del Císter. En este contexto, hacia el 1094, los monjes Guy y Guérin de Mousson dejaron Molesme para establecerse en Aulps bajo la protección de los señores de Maurienne y Faucigny y el apoyo de Guy de Faucigny, obispo de Ginebra. Se trataba de un núcleo monástico benedictino donde se realizaban prácticas cercanas al eremitismo. El rápido desarrollo de Aulps llevó a que el 1097 se erigiera en abadía, bajo la dirección de Guy. Se considera que en esta época de expansión Aulps participó en la fundación de otros monasterios como el de Hautecombe (Saboya) el de Bonmont (Suiza) o el de Balerne (Jura) este con toda seguridad. Una bula del papa Calixto II del 1119 le garantizaba el derecho de elección de abad, desligándolo de la tutela episcopal. Aulps se integró a la orden del Císter el 1136 (de manera paralela a las abadías mencionadas anteriormente: Bonmont en 1131, Hautecombe en 1135 y Balerne el 1136). En 1138 el abad Guérin dejó el cargo para ocupar el de obispo de Sion, cuando murió (c1150) fue enterrado en la iglesia de esta abadía.

Aulps había acumulado poder económico y social, se difundió la devoción a las reliquias del abad san Guérin pero también sufrió los efectos de la peste (a mediados del siglo XIV). Por otra parte se desarrolló la ciudad de Saint-Jean-d'Aulps al abrigo del monasterio. En 1468 se inauguraba una nueva época con la llegada del régimen comendatario. La vida comunitaria terminó con la Revolución, el 1792-93 los monjes abandonaron el monasterio, el incendio de la iglesia parroquial de Saint-Jean-D'aulps (1823) desencadenó la destrucción de la iglesia de la abadía para reaprovechar la piedra, que también se destinó a otras construcciones de la población. En 1902 comenzó su protección como monumento histórico, en el último decenio del siglo XX se adquirieron los terrenos del antiguo recinto monástico y comenzó su estudio y recuperación.