El origen de este monasterio femenino está rodeado de narraciones legendarias que lo sitúan en los primeros tiempos del cristianismo, más adelante también aparecen otros datos poco contrastados. A pesar de todo parece ser muy antiguo, probablemente ya existía a finales del siglo VI. El obispo de Lyon, Anemond (Ennemond, fallecido el 657) restauró la casa y a raíz de ello se lo consideraba fundador. Después de una destrucción causada por una incursión sarracena el monasterio volvió a ser restaurado a principios del siglo IX por el obispo Leidrade (798-814) y posiblemente es en esta época que adoptó la Regla de San Benito. En poco tiempo se transformó en un centro de poder donde profesaban jóvenes procedentes de la nobleza, la casa fue acumulando un rico patrimonio. Por otra parte con el paso del tiempo el relajamiento de las costumbres se generalizó y el régimen de vida que se practicaba alejaba del espíritu monástico benedictino.

La abadía se tuvo que someter, pese a la oposición de la comunidad que perdía los privilegios, a una reforma en cuanto a regularidad. En 1562 sufrió una ocupación en el marco de las guerras de Religión con la consecuente fuga de la comunidad y pérdida de patrimonio. Durante la segunda mitad del siglo XVII se llevaron a cabo importantes obras de construcción en el monasterio, levantando nuevos edificios, la abadía había perdido su influencia pero no el poder económico que aún conservaba. El monasterio de benedictinas se mantuvo hasta 1792 fecha en que se suprimió definitivamente a raíz de la Revolución. Las monjas de esta casa disponían de dos iglesias, una estaba dedicada a san Pedro y servía a la comunidad monástica, la segunda era la de Saint-Saturnin que tenía funciones de parroquia de la que las monjas percibían las rentas, esta segunda iglesia se derribó en época de la Revolución. Actualmente queda el monasterio barroco levantado en el siglo XVII con algunos elementos de la antigua iglesia de Saint-Pierre, este edificio de origen románico sufrió modificaciones en los siglos XVIII y XIX, tuvo culto hasta que en 1907 fue desafectado y se añadió al resto de construcciones públicas, actualmente todo el conjunto es sede del Museo de Bellas Artes de Lyon.