El monestir de Vallsanta és el continuador d’un primer establiment de monges cistercenques situat a la Bovera, molt proper. Segurament a causa de les inapropiades condicions que presentava aquest darrer lloc, hom va prendre la decisió de traslladar-se: una part de la comunitat va anar el 1231 a Santa Maria de Valldaura (Berguedà) i l'altra va passar a aquest indret de Vallsanta, a partir de l’any 1237.
El nou monestir es va situar al costat mateix de la Bovera, a la vall, sota el turó. La seva construcció va començar l’any 1235 i el 1237 el papa Gregori IX ja va autoritzar el trasllat de les monges de la Bovera a la vall, fet que es devia portar a terme en aquella època, tot i que possiblement va quedar alguna monja a l’antic monestir fins el 1246. La comunitat resultant era força important i el 1246 consta que tenia un total de 23 membres. L’any 1272 hi ha constància d’una donació de Jaume I a favor del monestir per la construcció d’un claustre, tot i això, possiblement aquella dependència monàstica no s’hauria aixecat mai.
Cap el 1345, a l’època de la priora Sibil·la de Boixadors, es va bastir una capella on seria enterrat Bernat de Boixadors. L’església que ara es troba en ruïnes seria la segona que es va aixecar en aquest indret i s’hauria bastit a mitjan del segle XIV. En la segona meitat d’aquell mateix segle es van portar a terme obres d’importància en el monestir i església, tot i això, aquesta darrera va quedar inacabada. A causa d’una epidèmia, el 1403 les monges es van veure obligades de deixar temporalment el monestir i refugiar-se a la Bovera.
Va seguir una època de profunda decadència, amb una comunitat molt reduïda, malgrat tot el monestir va continuar actiu fins que el 1589 l'abat de Poblet va dictaminar que les tres úniques monges abandonessin el lloc per a traslladar-se al monestir del Pedregal (Urgell). Vallsanta va quedar a cura d'un monjo de Poblet, i més tard va passar a mans de la vescomtessa d'Évol, senyora de Guimerà. La casa del Pedregal també passava per una època de crisi i el 1604 la comunitat es va traslladar a Sant Hilari de Lleida.
- BRONSEVAL, Claude (1991). Viaje por España: 1521-1533 (Peregrinatio Hispanica). Madrid: C. E. Ramon Areces
- CAPDEVILA, Sanç (Reed. 1982). El santuari de la Bovera. 1929. Patronat de la Mare de Déu de la Bovera
- CAPDEVILA, Sanç (1988). El monestir cistercenc de Santa Maria de Vallsanta. Notes històriques. Patronat de la Mare de Déu de la Bovera
- ESPAÑOL BERTRAN, Francesca (1993). Els sepulcres monumentals d'època gòtica a l'Urgell. Urtx: revista cultural de l’Urgell, Núm. 5
- FORT I COGUL, Eufemià (1965). L’eremitisme a la Catalunya Nova. Studia Monastica. Vol. 7-1. Abadia de Montserrat
- FORT I COGUL, Eufemià (2002). Tres monestirs cistercencs de la comarca de Tàrrega a la primera meitat del segle XVI. Urtx: revista cultural de l’Urgell, Núm. 15
- GAVÍN, Josep M. (1987). Inventari d’esglésies. Vol. 20. Segarra, Urgell. Barcelona: Arxiu Gavín
- GONZALVO BOU, Gener (2000). El monestir cistercenc de Santa Maria de Vallsanta. Butlletí de la Reial Acadèmia Catalana de Belles Arts de Sant Jordi. Vol. 14
- GONZALVO BOU, Gener (2016). Notes històriques d’una comunitat cistercenca. Guimerà Vallsanta. Institut d’Estudis Ilerdencs. Grup de Recerques de les Terres de Ponent
- OLIVER, Anna (1989). Primeres notícies sobre les excavacions al monestir de Sta. Maria de Vallsanta. Els monestirs Cistercencs de la Vall del Corb. Grup de Recerques de les Terres de Ponent
- PASQUAL, Jaume (1837). Carta del P.D. Jaime Pasqual canónigo premostratense de Bellpuig de las Avellanas al M. I. S. Marqués de Capmany. Barcelona: Torras
- PIQUER I JOVER, Josep Joan (1983). Nova informació sobre Vallsanta. Jornades de Treball del Grup de Recerques de les Terres de Ponent
- VILA CARABASA, Josep Maria (2011). Recerca històrica i arqueològica al monestir cistercenc de Santa Maria de Vallsanta (2008-2010): primers resultats. Tribuna d’arqueologia 2010-2011
- VILA CARABASA, Josep Maria (2012). Memòria de la intervenció arqueològica al monestir de Santa Maria de Vallsanta. Servei d’Arqueologia i Paleontologia. Generalitat de Catalunya. Vic
- VILA CARABASA, Josep Maria (2015). El monestir de Santa Maria de Vallsanta (Guimerà) i la seva necròpolis medieval. Arqueologia, història i antropologia. Urtx: revista cultural de l’Urgell, Núm. 15
- VILA CARABASA, Josep Maria (2018). El monestir de Santa Maria de Vallsanta. Intervencions arqueològiques de 2008 a 2012. Primeres Jornades d’arqueologia i paleontologia de Ponent. Generalitat de Catalunya