L’any 1149, el lloc de Nogales fou donat pel rei Alfons VII l’Emperador a Vela Gutiérrez (c 1117-1160) en agraïment als serveis prestats. El 1150, aquest personatge i la seva esposa, Sancha Ponç de Cabrera, van donar la finca a l’orde de Sant Benet amb la voluntat de fundar-hi un monestir per a monges benedictines. Aquesta empresa no va arribar a bon port i va tenir una existència efímera, un cop mort el fundador, les monges van retornar al seu monestir d’origen, entre el 1162 i 1164.
El 1164, la vídua va dirigir-se a la comunitat cistercenca de Moreruela, de la que va aconseguir una segona fundació, aquest cop amb monjos cistercencs. La nova iniciativa va seguir endavant i el 1172 es va poder consagrar la seva església, dedicada a Santa María de Nogales. En els anys següents sovintegen les donacions a favor de la casa, que va poder assegurar la seva existència gràcies a aquestes i, sobretot, en rebre protecció de la poderosa família Quiñones.
La casa va patir un incendi a començament del segle XIX i el 1835 fou clausurada definitivament i posada a la venda. Els nous propietaris en van fer una explotació agrària, alhora que fou espoliada dels objectes de valor. Actualment el lloc es troba en ruïnes. A la Hispanic Society of America de Nova York es conserven dues estàtues jacents d’alabastre procedents de Nogales, la de Suero de Quiñones († 1590) i la seva primera esposa Elvira de Zúñiga († 1595).
Filiació de Nogales
Segons l'Originum Cisterciensium (L. Janauschek, 1877)- BLANCO, Conrado (1999). Confirmación de privilegios de Felipe V al monasterio de Nogales. IX Centenario de la fundación del Cister (1098-1998). Actas. Vol. 1. Zamora: M. Casino
- CALDERÓN, Inés (2008). El impulso nobiliario a la expansión del Císter en el reino de León. La parentela de Ponce de Cabrera en los monasterios de Santa María de Moreruela y San Esteban de Nogales. Medievalismo, núm. 18
- COLINAS LOBATO, José Dionisio (2006). Real monasterio de Santa María de Nogales. Diputación de León
- DÍAZ-JIMÉNEZ, Eloy (1923). Abaciologio del monasterio cisterciense de Santa María de Nogales. Revue hispanique. Nova York, París
- ENRÍQUEZ DE SALAMANCA, Almudena (2010). El Archivo del Monasterio de Santa María de Nogales en el Tumbo de Astorga (1639). Documenta & Instrumenta, núm. 8
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel; dir. (2002). Enciclopedia del Románico en Castilla y León. León. Aguilar de Campoo: Fundación Santa María la Real
- JANAUSCHEK, Leopoldus (1877). Originum Cisterciensium. Vol. 1. Viena
- TORRES, Margarita (1999). Los linajes fundadores de los monasterios de Carrizo y Nogales (León). IX Centenario de la fundación del Cister (1098-1998). Actas. Vol. 2. Zamora: M. Casino