Bellpuig va rebre el 1224 l’hospital de Sant Nicolau de Fondarella (el Pla d’Urgell) institució que havia estat fundada el 1220 per Guillem II d’Anglesola. En aquest lloc hi va establir un nou monestir, que es va mantenir fins el segle XVI com a depenent de Bellpuig. El segle XIII va estar marcat per un període de màxima esplendor, les donacions se succeeixen tot incrementant el seu patrimoni.

En aquest context cal esmentar que l’any 1230, després de la conquesta de Mallorca (1229) Jaume I va lliurar als premonstratencs de les Avellanes unes possessions a Artà a més d’una església a Palma en agraïment al suport del seu orde a la conquesta. S’hi va desplaçar una comunitat que va instaurar el priorat de Bellpuig d’Artà on tenien també al seu càrrec la parròquia de la vila. Segurament a causa de la distància entre la casa mare i Artà i el poc arrelament a l’illa, el 1425 el priorat fou suprimit.

La decadència

A començament del segle XIV es van portar a terme les grans obres del cenobi, època que coincideix amb l'estancament i inici de la decadència, que es perllongà i agreujà amb el temps.  Va patir els efectes de la Pesta Negra. El 1350, la comtessa Cecília, vídua d’Ermengol X, va fer una donació al monestir, que es trobava en un estat lamentable i per respecte al seu marit “que hi descansa”.

Entre el 1479 i 1547 es van escollir vuit abats comendataris al front del monestir, el que no va ajudar gens a refer-se. Seguidament es van fer diversos intents de supressió de la comunitat. Entre el 1611 i 1616 l’abat fou empresonat però va aconseguir mantenir viu el monestir.

La decadència era molt greu, i a l'inici del segle XVIII era gairebé en ruïnes. Més tard es detecta una revifalla, i el cenobi fou restaurat, tant físicament com en el seu vessant espiritual, amb abats de gran prestigi.

Darrera època de prestigi

El 1728 fou elegit l’abat Daniel Finestres, el primer dels quatre abats de prestigi que van donar una nova empenta al centre. Fou succeït per Jaume Caresmar, Jaume Pasqual i Josep Martí.

L’extinció

El 1810 el lloc fou abandonat amb motiu de la invasió dels francesos. El 1813, al seu retorn, els monjos trobaren el lloc devastat i el van començar a reconstruir. El 1835 el lloc fou confiscat i va passar a propietat de l'Estat, que el va posar a la venda. Un cop extingit el monestir i amb els monjos expulsats, els seus béns van anar perdent-se, entre els quals la seva important biblioteca. El 1884 es va llogar a un comunitat de la trapa, que hi va romandre fins el 1889.

El 1906 fou adquirit pel banquer Agustí Santesmases, el qual va vendre el 1906, i per 15.000 pessetes, els sarcòfags del comte Ermengol X, els dels comtes Àlvar I i la seva esposa Cecília de Foix i el d’Àlvar d’Urgell. Les peces van anar a parar a Nova York, al The Cloisters del Metropolitan Museum of Art. Les despulles dels personatges foren enterrades a Vilanova de la Sal i retornades a Bellpuig el 1967. També el 1906 fou venuda una imatge de la Mare de Déu, que en aquell moment es venerava a la sala capitular.

Des del 1910 hi ha un seminari i noviciat dels germans maristes, que van restaurar l'antic monument, i ara amb serveis d’hostatgeria.

Els edificis

La part més antiga del conjunt del monestir és el claustre i el refetor adjacent. El claustre és de planta rectangular amb vuit arcs de mig punt als costats més curts, i onze als llargs. Són suportats per columnes dobles, a més d’uns pilars amb quatre columnes adossades. La decoració dels capitells és llisa en la seva meitat i molt simple en la resta, amb un relleu pla en la majoria d’ells. Caldria situar-lo al segle XII.

La sala capitular és del segle XIII, però ha estat molt modificada.

La construcció de l’església, que hauria de substituir una d’anterior, fou impulsada per Ermengol X, cap el 1303. Va restar inacabada, només amb la capçalera, gairebé no té nau.

Al segle XX es van millorar molt les dependències annexes, però cal lamentar la pèrdua d'algun element medieval que es va conservar fins llavors, tot i que en molt mal estat.

El panteó comtal

El monestir de Bellpuig de les Avellanes fou triat per la dinastia comtal dels Urgell com a lloc de sepultura, fins aquell moment ho havien estat altres llocs. Ermengol X havia triat el monestir de Poblet com a lloc d’enterrament, però més endavant va modificar aquella elecció en benefici de Bellpuig. El 1299 Àlvar d’Urgell, germà del comte va morir a Itàlia i el seu cos fou dipositat a Bellpuig de les Avellanes, fet provat documentalment. Des de llavors i fins la mort del comte (1314) es va treballar en un total de quatre sepulcres. Hi ha una controvèrsia sobre la identificació d'algunes de les sepultures comtals, amb opinions ben diverses.

- El sepulcre d’Àlvar d’Urgell (mort el 1299), amb les armes dels Urgell.

- El sepulcre d’Àlvar I i la seva esposa Cecília de Foix (morts el 1268 i 1270, respectivament), pares d’Ermengol X. Aquest sepulcre ha estat identificat històricament amb el d’Ermengol X i la seva esposa Dolça. Es tracta de dos sarcòfags superposats, el d’Àlvar amb les armes dels Urgell i el de Cecília amb els de Foix.

- Sepulcre d’Ermengol X (mort el 1314), la caixa, en aquest cas no porta els escuts d’armes; si no un apostolat. Tradicionalment hom identifica aquest sepulcre com el d’Ermengol VII (mort el 1184), fundador del monestir.

Al Museu de Lleida Diocesà i Comarcal es conserva una imatge de pedra policromada de la Mare de Déu amb el Nen procedent del monestir de les Avellanes. Es tracta d’una obra atribuïda a Bartomeu de Robió, artista documentat entre el 1360 i 1380 a la ciutat de Lleida on va treballar al retaule major de la Seu Vella, ara conservat només en part. La imatge de la Mare de Déu va sortir del monestir arran de la desamortització, d’una manera anàloga al que va passar amb els sepulcres comtals, fou venuda i va anar a mans del col·leccionista americà Charles Deering que en aquella època estava vinculat amb Sitges. Per alguna raó afortunada aquesta és una de les peces del col·leccionista que no van sortir del país i després de passar per diverses mans, el 1991 fou declarada Bé Cultural, quedant protegida. Finalment, el 2011, l’obra fou adquirida per la Generalitat de Catalunya i va quedar dipositada al Museu de Lleida. La neteja de l’obra ha posat en relleu la rica policromia de la imatge que llueix una vestidura sumptuosa.

L'església monàstica de les Avellanes té una porta gòtica encarada a ponent, oberta al creuer. Presenta una decoració senzilla amb motius vegetals i escuts.
 

A llevant del conjunt monàstic es situava un pati tancat per un mur, ara desaparegut. Adossada al mur es va construir una font, per commemorar la portada d'aigua a l'establiment en època de Jaume Caresmar.