L’origen d’aquest monestir rau en l’arribada de Joan d’Organyà des del monestir de Vallclara (Priorat) la primera casa premonstratenca de Catalunya i una de les primeres de la Península, per establir-se al lloc de Mont Malet. Segurament va arribar acompanyat d’altres monjos que van ocupar una cova natural on duien una vida propera a l’eremitisme, el lloc triat no reunia però les condicions necessàries per acollir una comunitat nombrosa. El 1159 Joan d’Organyà ja havia obtingut el vistiplau del bisbe però l’empenta definitiva pel nou assentament es va produir el 1166 quan el comte d’Urgell Ermengol VII i la seva esposa Dolça van fer una important donació de béns a la comunitat, moment en que també s’esmenta la pertinença a l’orde premonstratenca i la denominació de Santa Maria de Bellpuig, tot i que més endavant hom el coneixeria com Bellpuig Vell per diferenciar-lo del nou monestir que es desenvoluparia molt a prop.

Gairebé de manera simultània (el mateix any de 1166, uns mesos després de la fundació de Santa Maria) Guillem d’Anglesola, senyor de Bellpuig, va formalitzar l’establiment d’un nou assentament en el lloc de Fonts Amenes, molt proper al primer de Mont Malet i que reunia les condicions adients per implantar un monestir. La nova casa va rebre també importants donacions tant dels Anglesola com de la casa comtal d’Urgell que ja havia intervingut en la protecció de la comunitat del Mont Malet. L’existència de les dues cases tan properes (segurament la de Fonts Amenes es va instaurar a causa de les precàries condicions del primer lloc) va propiciar el desplaçament de monjos des de Bellpuig Vell a Bellpuig Nou (o Bellpuig de les Avellanes) tot i que Joan d’Organyà va continuar en aquell lloc de retir on va morir entre els anys 1192 i 1195 i on fou enterrat i venerat. Quan el 1184 va morir Ermengol VII fou enterrat al monestir, tal com havia disposat en el seu testament, en aquesta data ja s’hauria traslladat la pràctica totalitat de la comunitat a Bellpuig de les Avellanes.

El monestir va mantenir diferents formes de relació, segons les èpoques, amb l’abadia de La Casedieu (Casa-Dei, Gèrs) la més important de la circaria (província premonstratenca) de Gascunya a la qual pertanyia. Les relacions amb el poder i la noblesa van seguir els anys següents i durant el segle XIII. A finals del segle XII Alfons el Cast va posar les Avellanes sota la seva protecció alhora que li va atorgar beneficis i privilegis. Un document del 1202 esmenta l’existència d’una comunitat femenina, una situació que es troba sovint en les cases premonstratenques de la primera època, en aquest cas tradicionalment s’ha considerat que la comunitat femenina estava situada a Santa Maria d’Aguilar, molt a prop del monestir.

Bellpuig va rebre el 1224 l’hospital de Sant Nicolau de Fondarella (el Pla d’Urgell) institució que havia estat fundada el 1220 per Guillem II d’Anglesola. En aquest lloc hi va establir un nou monestir, que es va mantenir fins el segle XVI com a dependència de Bellpuig. El segle XIII va estar marcat per un període de màxima esplendor, les donacions es succeïren tot incrementant el seu patrimoni.

En aquest context cal esmentar que l’any 1230, després de la conquesta de Mallorca (1229) Jaume I va lliurar als premonstratencs de les Avellanes unes possessions a Artà a més d’una església a Palma en agraïment al suport del seu orde a la conquesta. S’hi va desplaçar una comunitat que va instaurar el priorat de Bellpuig d’Artà (Balears) on tenien també al seu càrrec la parròquia de la vila. Segurament a causa de la distància entre la casa mare i Artà i el poc arrelament a l’illa, el 1425 el priorat fou suprimit.

A començament del segle XIV es van emprendre obres de construcció d’envergadura, a l’església i el claustre, això es va solapar amb una època de crisi i decadència que es va allargar durant tot aquell segle i el següent. La situació no va millorar amb l’arribada del règim d’abats comendataris, el primer dels quals va ocupar el càrrec el 1479. A finals del segle XVI la casa va estar a punt de desaparèixer, en aquest context el 1592 s’havien secularitzat les canòniques agustinianes. A la darrera època, el monestir va gaudir d’un ressorgiment marcat per una sèrie d’abats de prestigi que van fer de les Avellanes un important centre cultural i acadèmic que va traspassar els murs del cenobi, entre aquestes personalitats cal esmentar els abats Daniel Finestres (1728-1733) germà de Jaume Finestres, monjo i historiador de Poblet, Jaume Caresmar (1754-1769, en dos períodes) erudit i autor de treballs diversos entre els quals la història d’aquest monestir, i Jaume Pasqual (1789-1792) deixeble de l’anterior. El segle XX va quedar marcat, com a la resta de comunitats monàstiques, per un seguit d’infortunis i la supressió: el 1810 i fins el 1813 els canonges van haver de fugir a causa d’una ocupació francesa, després l’època del Trienni Liberal que va tornar a deixar les Avellanes sense comunitat entre el 1820 i 1824 i finalment, el 1835 la casa fou suprimida i els monjos van haver de fugir, aquest cop definitivament.

El monestir és a tocar de la carretera de Balaguer a Àger, a uns 14 km de la primera ciutat