L'antiga església de Sant Pere Cercada va passar, el 1063, a mans de Sant Marçal del Montseny amb la finalitat d'establir-hi una comunitat, però a ran de la decadència de la casa del Montseny aquesta fundació no es va poder portar a terme i el lloc va continuar com a parròquia, on s’hi va aplegar una reduïda comunitat de clergues.
El 1136 s'hi va fundar una canònica augustiniana, gràcies a la voluntat de la família dels Vilademany que van obtenir de Sant Marçal la renúncia als seus drets i aplegar-hi una comunitat canonical sota la regla de Sant Agustí. La fundació fou confirmada el 1139 per Guillem i Bernat de Vilademany, que van nomenar Berenguer de Llavaneres com a prior de la canònica. La casa sempre fou de reduïdes dimensions, però es va beneficiar de béns diversos gràcies a la generositat dels senyors de les rodalies, tenia diverses esglésies dependents.
L'església actual va començar aixecar-se a finals del segle XII però no es va consagrar fins a 1245. Va patir l’oposició de la propera casa benedictina de Sant Salvador de Breda, però el bisbe de Girona va mantenir la canònica, que fou confirmada pel papa Innocenci III el 1198, tant pel que fa a la pròpia fundació com dels seus béns. Després d'un període de decadència, el lloc va passar a governar-se per priors comendataris, el 1592 la canònica fou secularitzada i el 1598 va passar a ésser una possessió del convent de Sant Agustí de la Seu d'Urgell, que hi va mantenir la parròquia.
- CALZADA I OLIVERAS, Josep (1976). Sant Pere Cercada. Revista de Girona. Núm. 74
- GAVÍN, Josep M. (1982). Inventari d'esglésies. Vol. 11. Gironès, Selva. Artestudi Ed.
- MONSALVATJE, Francisco (1904). Los monasterios de la diócesis gerundense. Noticias históricas XIV. Olot: Bonet
- PLADEVALL, Antoni (1991). Catalunya romànica. Vol. V. El Gironès, la Selva... Barcelona: Enciclopèdia Catalana
- VILLANUEVA, Jaime (1850). Viage literario a las iglesias de España. Vol. XIV. Madrid: Real Academia de la Historia