Tradicionalment hom considera que aquest monestir s’aixeca en el lloc d’una ermita dedicada a San Marcos que al seu torn s’havia bastit en el indret ocupat per un antic eremitori i posteriorment per un monestir benedictí del que hom té notícies l’any 934 i que s’hauria extingit. L’any 1134 es va fundar un nou monestir en aquest lloc gràcies a la iniciativa d’Afonso Bermúdez i Pedro Osorio, amb l’ajut d’Alfons VII que va fer venir uns monjos del monestir de Santa Marina de Corullón per iniciar la vida monàstica a Monfero. L’any 1147 aquesta casa va entrar a l’òrbita cistercenca, passant a dependre del monestir de Sobrado. Al segle XV es trobava en decadència i fou reformat de manera que el 1506 es va integrar a la Congregació de Castella, el que va facilitar la reconstrucció de les dependències monàstiques, obra que es va perllongar en el temps (segles XVI a XVIII), la nova església fou inaugurada el 1655. Ja al segle XIX, a més de patir els efectes de la situació política general, el 1805 un llamp va afectar l’església, desprès fou exclaustrat temporalment a causa del Trienni Liberal i el 1835 de manera definitiva.