Tot i que hi ha fonts que parlen d’una comunitat benedictina establerta anteriorment en aquest lloc, hom coneix que aquesta casa cistercenca femenina fou fundada i dotada econòmicament l’any 1160 per Sança de Castella, aquella fundació fou confirmada pel seu espòs, el rei de Navarra Sanç VI el Savi el 1181. El 1407 i arran d’algun episodi considerat delictiu, Benet XIII va dissoldre el monestir i traslladar la seva comunitat a Cambrón (Sádaba, Saragossa).
Filiació de Marcilla
Segons l'Originum Cisterciensium (L. Janauschek, 1877)Abadia de Morimond (Alt Marne)
Abadia d'Escaladei (Alts Pirineus) / 1137
Monestir de La Oliva (Navarra) / 1150
Monestir de Marcilla / 1407
La casa de Marcilla va esdevenir llavors un priorat masculí depenent del monestir de La Oliva, situació que es va mantenir fins al 1608, data en què va prendre el caràcter d'abadia gràcies a una butlla del papa Pau V. A causa del mal estat en què es trobaven els edificis del monestir primitiu, durant la segona meitat del segle XVIII es va procedir a la seva reconstrucció. El 1835, la desamortització va acabar amb la comunitat cistercenca i el lloc fou adquirit el 1846 pels agustins recol·lectes, que el 1865 hi van establir un convent, institució que encara s'hi manté. El monestir és al nord de la vila de Marcilla.
- CASIMIRO DE GOVANTES, Angel (1802). Diccionario geográfico-histórico de España. Madrid: Real Academia de la Historia
- JANAUSCHEK, Leopoldus (1877). Originum Cisterciensium. Vol. 1. Viena
- MADOZ, Pascual (1849). Diccionario geográfico-estadístico-historico de España, vol. 12. Madrid
Santuari de San Miguel / Aralar / Sancti Michaelis de Excelsis
(Uharte Arakil / Huarte-Araquil, Navarra)
El santuari de San Miguel in Excelsis, o d'Aralar, té el seu origen en època carolíngia (segle IX) i està envoltat de llegendes relacionades amb el sant titular. Més endavant hom el troba relacionat amb el monestir de Zamartze, s'esmenta la casa de San Miguel in Excelsis com una dependència d'aquell. Des del 1125 es troba ocupat per una comunitat regular, segurament seguidora de la regla de Sant Agustí. S'esmenten abats d'aquesta casa fins al 1206, quan el bisbe Juan de Tarassona, abans abat de San Miguel, va sotmetre el lloc a l'autoritat de la canònica de Santa María de Pamplona, deixant-lo a càrrec d'un membre d’aquella comunitat, que en tenia cura. A més de dotar el santuari amb béns i rendes.
- ARIGITA, Mariano (1904). Historia de la imagen y santuario de San Miguel de Excelsis. Pamplona: Lizaso
- CARO BAROJA, Julio; i altres (1982). El retablo de Aralar y otros esmaltes navarros. Pamplona: Inst. Príncipe de Viana
- GARCÍA ARANCÓN, María Raquel (1999). El clero secular en Navarra a mediados del siglo XIII. Hispania Sacra, núm. 104
- GARCÍA GUINEA, Miguel Ángel (dir.); i altres (2008). Enciclopedia del Románico en Navarra. Fundación Santa María la Real, Centro de Estudios del Románico
- YARZA, Joaquín; i altres (2001). De Limoges a Silos. Madrid: Seacex